PromethION 2 Solo（PRO-SEQ002）

The PromethION™ 2 (P2) Solo 是 PromethION 系列中最小巧易用的产品。PromethION 测序芯片的数据产出是 MinION™ 的六倍，非常适用于大规模基因组测序及高通量多样本实验。P2 Solo 可同时运行两张测序芯片。请点击此处，获取更多信息。

P2 Solo 需连接配备 USB-C 接口（支持 USB 3.0 或更高传输速率）的计算机，以提供电力并控制测序运行。GridION™ 用户可将 P2 Solo 直接接入其测序平台，从而利用 GridION 内置的专用 GPU 和计算资源；其他用户则可选用兼容的高性能工作站。

鉴于 P2 Solo 生成的数据量巨大，选择一台高性能计算机至关重要。若您寻求一体化解决方案，兼具内置与优化的计算能力，我们推荐您选用配备前沿计算硬件的 P2 Integrated。

更多关于 P2 Integrated 的信息，请点击此处。

安装注意事项

使用 GridION

P2 Solo 可将 GridION Mk1 作为即插即用的计算资源，充分利用其内置 GPU 实现碱基识别。

即插即用：GridION 的操作系统、固态硬盘（SSD）及内存均经过全面优化，可与 P2 Solo 搭配实现高效测序。

适用的 GridION 型号：为支持 PromethION 测序芯片和所有碱基识别模型的运行，您需使用序列号不低于GXB02xxx 的 GridION Mk1。

更多有关 GridION 的 IT 配置要求（包括网络连接与电力配置），请点击此处。

主机电脑配置要求

由于 P2 Solo 的数据通量巨大，选择适合的计算机至关重要。

为确保计算机能够高效执行数据采集与碱基识别，请参考以下配置要求。使用不符合要求的设备可能导致性能下降、碱基识别速度变慢，甚至测序运行失败。

组件	推荐配置
操作系统	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS
CPU	Intel i7+ （12核+）
GPU	桌面版 Nvidia 5090 RTX / RTX PRO 6000 Blackwell 工作站版 / A100
内存	64 GB+
存储	8 TB SSD +
外设接口	USB Type-C（支持 USB 3.0 或更高传输速度） 显示器（分辨率：1920 × 1080）

请注意：对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性和性能表现尚无法完全保证。

处理器兼容性

• MinKNOW 仅兼容 Intel、AMD 或 Apple Silicon 处理器；
• CPU 须支持 AVX2 指令集（如 Intel Haswell、AMD Steamroller 或更新架构）；
• 不支持搭载 Intel 处理器的 Mac 设备；
• 亦不支持 Qualcomm Snapdragon 及其他基于 ARM 架构的处理器。

笔记本电脑适用性

NVIDIA 显卡提供桌面版和移动版（笔记本）。笔记本具备便携性，但桌面显卡通常在性能、能效及散热管理方面表现更佳。

对于计算密集型任务，台式机通常更为适合；笔记本在长时间高负载下往往难以保持稳定运行。

电脑型号示例

以下列出了一些可配置至符合 P2 Solo 推荐规格的电脑型号。此列表并非详尽。

• Tuxedo Atlas XL | Linux
• System 76 Thelio | Linux
• Alienware Aurora 16 | Windows
• Puget 工作站 | Windows

注意：Oxford Nanopore 与上述供应商无任何隶属关系，且尚未对所列计算机进行全面测试。请在购买前确认其配置符合前述技术规格。

网络与连接要求

USB 连接要求

P2 Solo 需通过 USB-C 接口与工作站计算机连接。请使用随附的 USB Type-C 线缆（约 1 米长），直接插入主板上的 USB-C 接口。

以下连接方式不受支持：

• PCIe 转 USB-C 适配卡（已知可能引发通信错误）
• USB 集线器或扩展坞（可能影响性能）

如工作站主板不具备 USB-C 接口，可改用 USB-C 转 USB-A 线缆。但该所用 USB-A 接口必须支持 USB 3.0 或更高传输速率。

其他系统注意事项

系统行为（如定时更新、杀毒扫描或 IT 管控措施）可能对测序运行造成干扰。

为确保测序过程顺利进行且不被中断，建议您就以下关键事项与所在单位的 IT 部门沟通确认。

组件	最低要求
供电	P2 Solo 与 连接的计算机必须直接接入墙壁电源插座。请勿使用延长线或插线板，以免影响供电稳定性。
用户账户权限等级	安装和更新软件需具备本地管理员权限；执行测序实验则无需管理员权限。
网络连接	系统须始终保持稳定的互联网连接，以确保软件更新和遥测功能的正常运行。 如需离线使用（例如现场作业或野外考察），请联系 support@nanoporetech.com 获取进一步协助。
杀毒软件设置	杀毒软件可能占用大量系统资源，影响测序性能。为避免干扰，建议您关闭自动扫描功能，并在 P2 Solo 未运行时安排手动扫描。
终端检测软件	终端检测类软件可能干扰系统性能。 建议在测序过程中禁用该类软件。 若贵机构的 IT 部门要求使用第三方终端防护软件，请确保已在该软件的外设设置中将与 P2 Solo 相关的代码加入白名单。用户需自行验证此类配置不会影响 P2 Solo 的性能表现。 更多信息，请参阅：如何连接 P2 Solo？
BIOS/芯片组设置与更新	请确保 BIOS 固件和芯片组驱动程序均为最新版本。如需使用 EPI2ME 进行数据分析，请确认已启用虚拟化功能。
操作系统更新设置	建议将操作系统更新设置为手动模式，以避免在测序过程中因自动更新而引发问题——尤其当更新涉及系统重启时，将导致测序任务中断。 请与 IT 部门协调，确保单位 IT 管控措施不会覆盖本地设置，从而防止意外更新或重启。

• 在设备的前、后及两侧预留至少 30 厘米空间，以确保充分通风并便于操作；
• 请勿将设备放置在笔记本电脑或计算机上方，并远离任何发热源。

文件类型

Nanopore 测序数据通常以以下几种文件类型存储：

• FASTQ - 一种基于文本的序列储存格式，用于保存 DNA 或 RNA 序列及其对应的质量评分（Q 值）；

• BAM - 用于存储经过比对的序列数据，包含修饰碱基信息（如甲基化等）；

• sequencing_summary.txt - 储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于所包含的序列片段数量。

可选格式：

• POD5 - 原始数据的标准存储格式，是对早期 FAST5 格式的替代，具有更高的数据存储与处理效率。

下表列出了单张测序芯片在不同测序通量下预计生成的文件大小，涵盖 POD5、FASTQ 和 BAM 三种数据格式，序列片段的 N50 长度为 23 kb。

测序芯片产出（Gbases）	FASTQ.gz (Gbytes)	未经比对的BAM（带修饰） (Gbytes)	（可选） POD5 (Gbytes)
100	65	60	700
200	130	120	1400

请注意：若启用碱基识别功能，系统将生成 FASTQ 和/或 BAM 文件，并在测序运行期间需要额外的临时存储空间。如果选择启用 POD5 输出，系统将在实验过程中持续生成 POD5 文件。

EPI2ME 分析

EPI2ME 桌面应用程序支持用户灵活配置本地或云端数据分析流程：

• 本地分析：在本地计算机上运行，利用本地计算资源执行分析任务；

• 云端分析：依托 Amazon Web Services（AWS）平台，需保持互联网连接。

点击此处，了解 EPI2ME 如何助力您的数据分析工作。

数据上传格式：EPI2ME 支持上传 FASTQ、BAM 及其他与分析流程相关的文件格式。所上传数据将通过定制的 Nextflow 流程进行处理，并生成交互式 HTML 报告。

软件更新

您可通过 MinKNOW 界面或终端（使用 apt）下载更新。系统仅需具备出站访问权限。 我们会在 Nanopore 社区发布软件更新通知，并在发布公告中提供完整的更新操作说明。

数据传输

如您将 P2 Solo 与 GridION 搭配使用，并需要额外的 SSD 存储，请正确连接 USB /以太网接口，以确保系统稳定高效运行。

• 请使用GridION背面的蓝色USB Type-A 端口（见上图）。
• 在使用以太网时，请选用 CAT5e 或更高标准的网线（带宽不低于 1 Gbps），并尽量缩短线缆长度以减少延迟。

请勿使用:

• 白色矩形USB端口

• 位于设备正面的USB端口（如果您的 GridION 具有前置 USB 端口）

设备型号标识

仪器型号：

PRO-SEQ002 - PromethION 2 Solo

适用领域

Oxford Nanopore Technologies 的 PromethION 2 Solo 是一款为科学研究设计的电子分析平台。其核心技术基于纳米孔，可用于 DNA、RNA、蛋白质及其他小分子的单分子水平研究。

本产品仅供研究使用。

安全性信息

在使用前，请遵循以下安全指南：

• 确保设备除底面外，各面均预留至少 30 厘米空间；
• 请勿将设备放置在笔记本电脑或计算机上方，并远离任何发热源。

紧急措施

如遇紧急情况，请关闭 P2 Solo 的电源开关，并拔下 USB-C 连接线。

符合性声明

PromethION 2 Solo 符合下述《EC 合格声明》中所述的电磁兼容性（EMC）和电气安全指令。

PromethION 2 Solo 符合性声明

合规标识

PromethION 2 Solo 合规标识

国际标准

PromethION 2 Solo 已通过以下国际标准的认证：

认证	国家
MET；UL61010 / CSA-C22.2 No.61010，第三版：测量、控制和实验室用电气设备的安全要求，修订日期： 2012年5月11日	美国和加拿大
美国联邦通信委员会（FCC）	美国
RCM 合规要求	澳大利亚和新西兰
ISC 安全合规认证	柬埔寨
阿联酋有害物质限制（RoHS）法规	阿拉伯联合酋长国
NRCS 和 SABS	南非
EAC	欧亚经济联盟关税同盟

合规标识

PromethION 2 Solo 合规标识

许可及保修

许可协议及保修合同中对向用户提供最新的硬件和软件作出了说明，以确保您的仪器一直处于最佳性能。Oxford Nanopore Technologies 会在合同期内，履行Nanopore产品的条款和条件第4和第7节中所规定的支持义务。

更多信息，请参阅 Oxford Nanopore 商城中的 此页面 。

我可以使用与本文件所列配置不同或较旧的计算机吗？

可以，但性能表现（尤其是碱基识别速度）可能因硬件差异而有所不同。其中，GPU 的选择对性能影响最为显著。

硬件兼容性说明：

• 2015 年前发布的计算机可能无法满足运行要求；
• GPU 须支持 CUDA 6.1 或更高版本（如 RTX 10XX 系列或更新型号）；
• CPU 须支持 AVX-2 指令集（如 Intel Haswell、AMD Steamroller 或更新架构）；
• 计算机须具备 USB-C 接口，并支持 USB 3.0 或更高传输标准。

新款硬件：

• 对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性和性能表现尚无法完全保证。

我根据旧版本文档购买的计算机，现在是否仍符合要求？

本文件旨在指导用户选购可兼容 P2 Solo 的计算机。由于硬件不断迭代升级，我们会定期更新推荐配置，以反映当前市面上主流且易于采购的设备。如果您现有的计算机仍符合前述配置要求，即可继续正常使用我们的软件。

我计划在其他计算机或高性能计算平台（HPC）上执行碱基识别。对于仅用于数据采集的设备，最低配置有哪些要求？

如果设备仅用于数据采集（即测序过程中不执行碱基识别），则本文档所列的最低配置已足够，且无需配备 GPU。

是否支持使用 Ubuntu 22.04/24.04 LTS 以外的其他 Linux 发行版？

我们建议您仅使用 Ubuntu 22.04 或 24.04 LTS。其他 Linux 发行版未经官方测试与验证，可能存在兼容性问题，且不在技术支持范围内。

为何未提供针对 Mac 的推荐配置？

尽管本软件可在搭载 Apple Silicon 的 Mac 上运行，但在测序性能方面，配备 NVIDIA GPU 的系统表现更为优越，并在碱基识别任务中具有更高的性价比。对于 Apple Silicon 用户，我们仅推荐使用快速碱基识别模式；较大型模型运行耗时较长，无法实时处理测序芯片输出的数据。

更多有关 PromethION 2 Solo 的信息和常见问题，请参阅 P2 Solo 自助服务页面.

Oxford Nanopore Technologies 的 P2 Solo 在室温下（+2 至 +25℃）储存并运输。

请注意：启动套装（Starter Pack）中的 P2 Solo 会与试剂盒及测序芯片分开运输。

PromethION 2 Solo 兼容所有最新版本的 PromethION 测序芯片、测序试剂盒及相关扩展包。

兼容范围包括：

• 测序芯片: PromethION R10 系列测序芯片（FLO-PRO114M）、RNA004 PromethION 测序芯片（FLO-PRO004RA）
• 测序试剂盒：PromethION 2 Solo 兼容所有 V14 试剂盒，包括连接法、快速、条形码、PCR、cDNA 及直接 RNA 试剂盒。下述试剂盒未经测试：
  • DNA 超长片段测序试剂盒 V14（SQK-ULK114）
  • 快速条形码测序试剂盒 V14 （SQK-RBK114.24/96）
  • 快速建库测序试剂盒 (SQK-RAD114)
  • 16S 条码测序试剂盒 1-24（SQK-16S114.24）
  • 组装优化试剂盒（SQK-APK114）
• 测序软件（最新版本）：MinKNOW, Dorado 碱基识别服务器
• 下游分析软件：EPI2ME（含预置分析流程）, Oxford Nanopore 提供的分析流程（MinKNOW 兼容）、 用户自行开发的分析工具 (由纳米孔社区开发）