PromethION 2 Solo (PRO-SEQ002)

El PromethION™ 2 (P2) Solo es el producto más pequeño y más accesible de la gama PromethION. Las celdas de flujo PromethION generan una cantidad de datos seis veces mayor que las celdas de flujo MinION™, lo que las hace perfectas en genomas de mayor tamaño y experimentos de elevada multiplexación. El P2 Solo es capaz de procesar dos celdas de flujo a la vez. Encontrará más información aquí.

El P2 Solo necesita un ordenador que disponga de USB-C (velocidad USB 3.0 o superior). Si dispone de un GridION™ es posible conectarle el P2 Solo y utilizar su GPU y recursos informáticos; también es posible conectar el dispositivo a un ordenador compatible, de alto rendimiento.

Debido al gran volumen de datos generado por el P2 Solo, es fundamental seleccionar un ordenador lo suficientemente potente. Si necesita una solución todo en uno con capacidad de procesamiento integrada y rendimiento optimizado, le recomendamos el P2 Integrated, que incluye tecnología de última generación.

Encontrará más información sobre el P2 Integrated, aquí.

Utilizar con un GridION

El P2 Solo utiliza el GridION Mk1 como unidad de procesamiento lista para usar y aprovecha la GPU integrada para realizar la identificación de bases.

Compatibilidad inmediata: El sistema operativo, la unidad SSD y la memoria del GridION están totalmente optimizados para secuenciar con el P2 Solo.

Modelo de GridION necesario: Se necesita un GridION Mk1 con un número de serie GXB02xxx o superior para ejecutar los modelos de identificación de bases con celdas de flujo PromethION.

Aquíencontrará más información sobre los requisitos técnicos del GridION, incluidos el acceso a la red y la alimentación eléctrica.

Requisitos del ordenador principal

Es fundamental seleccionar el ordenador adecuado para el P2 Solo, ya que genera un volumen de datos mayor.

Las siguientes características técnicas aseguran que su ordenador sea capaz de adquirir los datos de manera eficiente y realizar la identificación de bases. El uso de equipos no compatibles es capaz de reducir el rendimiento, ralentizar la identificación de bases o producir errores en los experimentos.

Parte	Características técnicas
Sistema operativo (OS)	Windows – 11, 10 Ubuntu 22.04, 24.04 LTS
CPU	Intel i7+ (12-núcleos o más)
GPU	NVIDIA 5090 RTX/ RTX PRO Blackwell 6000, edición para ordenadores de mesa /A100
Memoria	64 GB o más
Almacenamiento/	8 TB SSD o más
Periféricos	USB-C 3.0 o superior 1 monitor con resolución 1920 × 1080

Nota: La compatibilidad y el rendimiento de equipos recién lanzados, como GPU o procesadores de última generación, suelen verse limitados hasta que finalice el periodo de pruebas y la optimización.

Compatibilidad del procesador

• MinKNOW solo es compatible con procesadores modernos Intel, AMD y Apple Silicon.
• Verifique que la CPU sea compatible con AVX-2 (Intel Haswell, AMD Steamroller, o posteriores).
• Los Mac con procesador Intel no son compatibles.
• Otros procesadores, como Qualcomm Snapdragon u otros con architectura ARM, no son compatibles.

Compatibilidad con portátiles

NVIDIA ofrece tarjetas gráficas para ordenadores de escritorio y para ordenadores portátiles. Mientras que los ordenadores portátiles ofrecen portabilidad, las tarjetas gráficas de sobremesa suelen ofrecer un mejor rendimiento, eficiencia energética y gestión térmica.

En las tareas de procesamiento intensivo, en general los ordenadores de mesa resultan más adecuados, ya que los ordenadores portátiles suelen resentirse con cargas de trabajo sostenidas.

Ordenadores de ejemplo

A continuación hay una lista no exhaustiva ordenadores que cumplen los requisitos mínimos recomendados:

• Tuxedo Atlas XL | Linux
• System 76 Thelio | Linux
• Alienware Aurora 16 | Windows
• Puget Workstation | Windows

Nota: Oxford Nanopore no está afiliado con ninguno de los proveedores y no ha evaluado estos equipos de forma exhaustiva. Antes de la compra, comprobar que las características técnicas cumplan con los requisitos mínimos indicados anteriormente.

Requisitos de red y conectividad

Conexión USB

El P2 Solo está diseñado para conectarlo mediante el cable USB-C (~1 m) suministrado con el dispositivo, que debe ir directamente a la placa base del ordenador.

No compatible:

• Tarjeta adaptadora de PCIe a USB-C (se sabe que causa errores de comunicación).
• Concentradores USB o estaciones de acoplamiento (reducen el rendimiento).

Si el ordenador carece de un puerto USB-C en la placa base, es posible suministrar un cable USB-C a USB-A. Ese puerto USB-A debe ser compatible con puertos USB 3.0 o superior.

Otras consideraciones del sistema

Algunas operaciones del sistema como las actualizaciones programadas, los análisis antivirus o las directrices de departamentos de informática, suelen interferir en los experimentos de secuenciación.

A continuación presentamos algunas áreas clave que conviene revisar y comentar con su departamento de informática para garantizar una experiencia de secuenciación fluida e ininterrumpida.

Componente	Requisitos mínimos
Eléctrico	Conecte tanto el P2 Solo como el ordenador asociado directamente a tomas de corriente de pared. No utilizar alargadores o regletas, ya que son capaces de provocar inestabilidad eléctrica.
Nivel de privilegios de cuenta de usuario	Los privilegios de administrador local son necesarios en la instalación y las actualizaciones. No son necesarios para realizar experimentos de secuenciación.
Conexión a Internet	Es imprescindible disponer de una conexión a internet estable para realizar las actualizaciones y recoger la información de telemetría. Si necesita trabajar sin conexión (en trabajos de campo o durante expediciones), póngase en contacto con support@nanoporetech.com.
Configuración del antivirus	El programa antivirus consume recursos importantes del sistema, lo que en ocasiones repercute en el rendimiento de la secuenciación. A fin de evitar interrupciones, recomendamos desactivar los análisis automáticos y programar los análisis manuales cuando el P2 Solo no esté en uso.
Programa de protección de dispositivos	Este programa de protección es capaz de interferir con el rendimiento del sistema. Recomendamos desactivarlo durante la secuenciación. Si las directrices informáticas de su institución exigen un programa de protección de terminales desarrollado por proveedores externos, incluya los códigos pertinentes en la lista de permitidos dentro de la configuración de control periférico del programa. Los usuarios son responsables de comprobar que estos ajustes no afecten al rendimiento del P2 Solo. Más información en: Cómo conectar el P2 Solo
Configuración y actualizaciones de BIOS/conjunto de circuitos integrados	Compruebe que el microprograma de la BIOS y los controladores del conjunto de circuitos integrados estén actualizados. Antes de iniciar el análisis con EPI2ME, compruebe que la virtualización esté activada.
Configuración de actualizaciones del sistema	Configure las actualizaciones en modo manual, ya que las descargas durante un experimento de secuenciación suelen causar problemas. Las actualizaciones que precisen un reinicio detendrán experimentos en curso. Coordínese con su departamento de informática y compruebe que la configuración centralizada del sistema no anule los ajustes locales y provoque actualizaciones o reinicios no previstos.

Cantidad	Artículo	Función
1	PromethION 2 Solo	Dispositivo de secuenciación de ADN y ARN
2	Celda de prueba de configuración (CTC)	Verifica el funcionamiento del equipo (1 por posición de celda de flujo)
1	Cable USB-C a USB-C (1 m)	Conecta el PromethION 2 Solo al ordenador principal, al que transfiere los datos y desde el que se gestiona el dispositivo
1	Adaptador de corriente 60 W	Suministra alimentación de CC al dispositivo
1	Guía de inicio rápido	Descripción general de la configuración del sistema
1	Documento de seguridad y normativa	Información de seguridad y cumplimiento de la normativa
1 1 1 1	Cable de alimentación del Reino Unido (Tipo G → C13) 2 m, 10 A, 250 V CA Cable de alimentación de la UE (Schuko Tipo C → C13) 2 m, 10 A, 250 V CA Cable de alimentación de Estados Unidos (Tipo B → C13) 2 m, 15 A, 125 V CA Cable de alimentación de Australia (Tipo I → C13) 2 m, 10 A, 250 V CA	Cables de alimentación específicos de cada región

• Dejar al menos 30 cm de espacio libre en la parte frontal, posterior y en los laterales de cada unidad, a fin de garantizar una ventilación adecuada y facilitar el acceso al dispositivo.
• No colocar el dispositivo encima de un ordenador portátil y mantenerlo alejado de fuentes de calor.

Tipos de archivos

El sistema almacena los datos de secuenciación por nanoporos en los siguientes tipos de archivo:

• FASTQ - Formato de texto que almacena secuencias de ADN o ARN junto con sus índices de calidad.
• BAM - Formato binario que contiene lecturas alineadas, incluidas las bases modificadas (por ejemplo, metilación.
• sequencing_summary.txt - Archivo que contiene metadatos de todas las lecturas con bases identificadas generadas en un experimento de secuenciación. Lo que incluye información como el identificador de lectura, la longitud de secuencia, la puntuación Q-score por lectura y la duración de lectura. El tamaño de un archivo de resumen de secuencias dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Opcional:

• POD5 - Formato principal de datos sin procesar, que reemplaza al obsoleto .fast5. Es más eficaz tanto en almacenamiento como en procesamiento.

La siguiente tabla proporciona los requisitos de almacenamiento estimados en función del volumen de datos generado por una celda de flujo. Estos valores presuponen una ejecución que guarde archivos POD5, FASTQ y BAM, con una longitud de lectura N50 de 23 kb.

Producción celda de flujo (Gbases)	Almacenamiento en FASTQ.gz (Gbytes)	BAM no alineado con modificaciones (Gbytes)	(Opcional) Almacenamiento en POD5 (Gbytes)
100	65	60	700
200	130	120	1 400

Importante: cuando la identificación de bases esté activada, el sistema generará archivos FASTQ o BAM y necesitará almacenamiento temporal adicional mientras el experimento esté en marcha. Si selecciona activar la salida en POD5, el sistema producirá archivos POD5 de forma continua durante el experimento.

Análisis en EPI2ME

La aplicación de escritorio EPI2ME ofrece soluciones de análisis definidas por el usuario, tanto locales como en la nube:

• El análisis local se realiza directamente en el ordenador del usuario, con los recursos informáticos disponibles.
• El análisis en la nube se realiza a través de Amazon Web Services (AWS) y requiere una conexión a Internet.

Encontrará más información sobre cómo EPI2ME puede cubrir sus necesidades de análisis de datos aquí.

Formatos admitidos en la carga de datos: EPI2ME admite archivos FASTQ, BAM y otros formatos relacionados, procesa los datos mediante flujos bioinformáticos de Nextflow y genera informes interactivos en HTML.

Actualizaciones

Es posible descargar las actualizaciones desde la interfaz de MinKNOW o mediante el terminal (con el comando apt). El sistema requiere acceso solo de salida. Cuando hay actualizaciones disponibles, lo notificamos a través de la comunidad Nanopore y proporcionamos instrucciones en cada nota de lanzamiento.

Transferencia de datos

Si utiliza un P2 Solo con un GridION y necesita almacenamiento SSD extra, utilice el puerto USB/Ethernet adecuado a fin de obtener un rendimiento óptimo.

• Utilice los puertos USB-A azules de la parte trasera de la GridION (según la imagen anterior).
• Si utiliza Ethernet, utilice un cable CAT5e o superior (1 Gb/s como mínimo) y mantenga el cable lo más corto posible para reducir la latencia.

NO utilizar:

• El puerto USB con el centro rectangular blanco
• Ninguno de los puertos USB frontales (si su GridION los tuviera)

Identificación del dispositivo

Referencia:

PromethION 2 Solo - PRO-SEQ002

Uso previsto

El dispositivo PromethION 2 Solo de Oxford Nanopore Technologies es un sistema de análisis electrónico utilizado en el ámbito de la investigación científica. Su tecnología principal se basa en un nanoporo capaz de detectar actividad en una sola molécula, incluidos los ácidos nucleicos (ADN/ARN), las proteínas y otras pequeñas biomoléculas.

Este producto es para uso exclusivo en investigación.

Información sobre seguridad

Antes de utilizar el dispositivo, repasar las siguientes recomendaciones de seguridad:

• Mantener 30 cm de espacio libre a los lados y en la parte de atrás del dispositivo.
• No colocar el dispositivo encima de un ordenador portátil y mantenerlo alejado de fuentes de calor.

Procedimientos de emergencia

En caso de emergencia, desconecte el P2 Solo desde la toma de corriente y desconecte el cable USB-C.

Declaración de conformidad

El PromethION 2 Solo se ajusta a las directivas de compatibilidad electromagnética (CEM), tal como se indica en la siguiente Declaración de conformidad CE.

Declaration of conformity for the PromethION 2 Solo

Etiquetado reglamentario

Etiqueta del PromethION 2 Solo

Normas internacionales

El PromethION 2 Solo está certificado según las siguientes normas internacionales:

Certificación	País
MET; UL61010/CSA-C22.2 nº 61010, tercera edición: Equipos eléctricos de medida, control y uso en laboratorio, Revisión: 11 de mayo de 2012	EE.UU. y Canadá
FCC	EE.UU.
Cumplimiento RCM	Australia y Nueva Zelanda
Cumplimiento de seguridad ISC	Camboya
UAE RoHS	EAU
NRCS y SABS	Sudáfrica
EAC	Unión Aduanera de la Unión Económica Euroasiática

Licencia y garantía

El contrato de licencia y garantía garantiza que el dispositivo funcione de forma óptima gracias al equipo y paquete de programas más actualizados. El contrato garantiza el cumplimiento de las obligaciones de asistencia de Oxford Nanopore Technologies durante el periodo contractual, tal y como se establece en las secciones 4 y 7 de los Términos y condiciones de los productos Nanopore.

Encontrará más información sobre la garantía del dispositivo en la tienda de Oxford Nanopore.

¿Puedo usar un ordenador con características técnicas distintas o más antiguas a las enumeradas aquí?

Sí, pero el rendimiento —en particular la velocidad de la identificación de bases— varía en función del equipo. La elección de la GPU es lo que tiene mayor impacto en el rendimiento.

• Compatibilidad del equipo:*

• Los ordenadores anteriores a 2015 difícilmente funcionarán.
• Verifique que la GPU es compatible con CUDA 6.1 o superior (serie RTX 10XX o posterior).
• Verifique que la CPU sea compatible con AVX-2 (Intel Haswell, AMD Steamroller, o posteriores).
• La conexión del dispositivo requiere un puerto USB-C (USB 3.0 o superior).

Equipos más nuevos:

• La compatibilidad y el rendimiento de equipos recién lanzados, como GPU o procesadores de última generación, suelen estar limitados hasta que finalicen las pruebas y la optimización.

Compré un ordenador basándome en una versión anterior de este documento. ¿Está ya obsoleto?

Este documento tiene como finalidad orientar a los usuarios que vayan a adquirir un ordenador que utilizarán con el P2 Solo. Dado que la disponibilidad de los equipos cambia con el tiempo, actualizamos nuestras recomendaciones para reflejar los modelos de ordenadores vigentes y accesibles. Si su ordenador actual aún cumple los requisitos indicados en la respuesta anterior, sigue siendo compatible con nuestros programas informáticos.

Quiero realizar la identificación de bases en otro ordenador o en un HPC y necesito saber los requisitos mínimos reales relativos a la adquisición de datos.

En la adquisición de datos (secuenciación sin identificación de bases), basta con cumplir los requisitos mínimos —sin incluir la GPU.

¿Puedo usar distribuciones de Linux distintas de Ubuntu 22.04/24.04 LTS?

Recomendamos usar solo Ubuntu 22.04 o 24.04 LTS. No hemos probado ni validado otras distribuciones de Linux y su compatibilidad con nuestros programas o procesos de soporte son inciertas.

¿Por qué no hay características técnicas recomendadas de equipos Mac?

Aunque Apple Silicon es compatible, el rendimiento de secuenciación es mejor en los sistemas con GPU NVIDIA, que además ofrecen una relación precio-rendimiento más favorable en la identificación de bases. Si utiliza un ordenador con Apple Silicon, recomendamos utilizar solo la identificación de bases rápida, ya que los modelos más grandes precisan un tiempo considerable de ejecución y no son capaces de mantener el ritmo de producción de datos de la celda de flujo. Más información y preguntas frecuentes sobre el P2 Solo en la página de autoservicio del P2 Solo.

El dispositivo P2 Solo de Oxford Nanopore Technologies se conserva y envía a temperatura ambiente (entre 2 °C y 25 °C).

Nótese que el dispositivo se envía por separado de los kits y las celdas de flujo del paquete inicial.

El PromethION 2 Solo es compatible con las versiones más recientes de química utilizada en las celdas de flujo PromethION, así como con los kits de secuenciación y las ampliaciones.

Esta compatibilidad incluye:

• Celdas de flujo: Celda de flujo PromethION serie R10 (FLO-PRO114M)
  Celda de flujo PromethION RNA004 (FLO-PRO004RA)
• Kits de secuenciación: El PromethION 2 Solo es compatible con todos los kits que utilizan la química V14: kits de ligación, rápidos, de etiquetado, de PCR, de ADNc y de ARN directo. No hemos probado los siguientes:
  • Ultra-Long DNA Sequencing Kit V14 (SQK-ULK114)
  • Rapid Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RBK114.24/96)
  • Rapid Sequencing Kit V14 (SQK-RAD114)
  • 16S Barcoding Kit 1-24 (SQK-16S114.24)
  • Assembly Polishing Kit (SQK-APK114)
• Programas de secuenciación más reciente: MinKNOW, Dorado Basecall Server
• Herramientas de análisis: EPI2ME (y los flujos de trabajo que incluye), los flujos bioinformáticos de Oxford Nanopore (compatibles con MinKNOW) y las herramientas personalizadas desarrolladas por la comunidad Nanopore.