Device operating system update (DOS_9133_v1_revN_20Mar2025)
PromethION: Protocol
V DOS_9133_v1_revN_20Mar2025
FOR RESEARCH USE ONLY
Contents
Actualizar el sistema operativo en el GridION
Actualización del sistema operativo
1. Descargar una imagen ISO y grabarla en una unidad USB
Descripción general
Las siguientes instrucciones le ayudarán a crear una unidad USB de arranque que sirva para reconstruir el sistema operativo en su dispositivo.
Estas instrucciones son para los usuarios que no recibieron una unidad USB con imagen ISO. Si ha recibido una unidad USB, pase al siguiente punto: Cómo arrancar el dispositivo desde una memoria USB.
Recomendamos transferir los datos a una copia de seguridad, incluso si se escoge una opción que conserve los datos. Esto se debe a que los archivos ISO pueden corromperse a mitad del proceso (por ejemplo, debido a una desconexión del USB, un corte de electricidad, etc.).
Descargar el archivo ISO en el siguiente enlace:
Grabar el archivo ISO en una unidad USB
El programa adecuado para grabar la imagen ISO es: Rufus en Windows
Nota: la herramienta de grabación ISO alternativa balenaEtcher no es compatible con nuestra imagen ISO. Necesitará acceso a un ordenador Windows y tal vez derechos de administrador para instalar el programa Rufus.
Al grabar el archivo ISO, utilizar los siguientes ajustes (se debe usar un arranque EFI/GPT):
- Esquema de partición: GPT
- Sistema de destino: UEFI
La unidad USB debe tener las siguientes características:
- Tener 64 GB o más
- USB 3.0 (recomendado)
- Utilizar la opción de arranque UEFI
Nota: Recomendamos grabar una imagen de disco en dos unidades USB de un proveedor distinto, como copia de seguridad. Las unidades USB habituales pueden fallar en la reinstalación de los dispositivos sin un motivo aparente.
2. Preparar el PromethION para el arranque UEFI
Antes de iniciar el proceso de reconstrucción, el PromethION debe estar configurado para arrancar el disco duro en modo UEFI.
Si está encendida, apague la unidad de adquisición de datos.
Insertar el USB de arranque en el puerto USB con interior azul, situado en la parte posterior del dispositivo.
Nota: si utiliza una unidad de adquisición de datos Serie A/A100, tal vez tenga que desconectar uno de los cables de actualización del microprograma, conectado al secuenciador.
Encender la unidad de adquisición de datos y cuando aparezca la pantalla siguiente, pulse Borrar para entrar en la configuración.
En las unidades de adquisición de datos A100 o Serie A, no olvide usar la salida VGA.
Una vez en la configuración, pulsar la tecla derecha del cursor hasta que el Arranque aparezca resaltado.
Dentro del arranque, configurar los siguientes parámetros:
- Seleccionar el modo de arranque: UEFI
- Opción de arranque #1: Disco duro UEFI
- Opción de arranque #2: Disco duro USB UEFI
Use las teclas del cursor para Guardar o Salir; seleccione Guardar cambios y Reiniciar.
3. Cómo arrancar el dispositivo desde una memoria USB
Apagar la unidad de adquisición de datos.
Encender la unidad de adquisición de datos.
Cuando aparezca la pantalla siguiente, presionar F11 para entrar en el menú de arranque.
Seleccionar la opción de arranque USB UEFI.
En el ejemplo a continuación, la unidad USB se llama SanDisk. Si no se ha preparado el sistema para arrancar en modo UEFI, no funcionará. Para configurarlo, consulte la sección Preparar el PromethION para el arranque UEFI.
Una vez seleccionada la opción UEFI, pulse aceptar; luego, resalte Customer Factory Reset y pulse de nuevo Aceptar. Esta opción detectará su instalación e intentará mantener las configuraciones de red, el nombre del servidor y la partición /data. Siempre que sea posible, recomendamos hacer copias de seguridad antes de continuar con este paso.
No olvide conectar el dispositivo a la red.
| Opción | Para qué sirve | Cuándo usar esta opción |
|---|---|---|
| Restablecer los valores de fábrica | - Mantiene la configuración de red - Mantiene el nombre del servidor (por ejemplo, PCA1XXX) - Conserva los datos - No borra los metadatos ni formatea los discos | - Para restablecer el dispositivo a una versión de MinKNOW, reflejada en el nombre de la imagen (por ejemplo, 22.10 ISO = MinKNOW 22.10) - Para restablecer el dispositivo a un estado conocido, mientras intenta conservar los datos existentes |
| Restablecer, Instalar y mantener /data / | - Mantiene la configuración de red - Mantiene el nombre del servidor (por ejemplo, PCA1XXX) - Conserva los datos - No borra los metadatos ni formatea los discos | Desde un punto de vista funcional, es idéntico a la opción "Restablecer los valores de fábrica" |
| Formatear los discos y perder /data | - No mantiene la configuración de red - No mantiene el nombre del servidor - No guarda los datos - Borra los metadatos y formatea los discos | - Si surgen problemas con el almacenamiento de datos o con una nueva unidad de disco sin formato (por ejemplo, una unidad defectuosa o reemplazada) - Si la opción Mantener /data no resuelve el problema |
| BORRADO SEGURO - tarda varias horas | - No mantiene la configuración de red - No mantiene el nombre del servidor - No guarda los datos | Elegir esta opción solo si lo solicita un miembro del Servicio Técnico - esta opción borra completamente los discos y pone todos los datos a 0 |
Aparecerá la pantalla de abajo. Seleccionar Instalación estándar. Aparecerá un mensaje de confirmación; pulsar Aceptar.
Nota: la ventana de instalación azul tal vez ocupe toda la pantalla. Pulsar Esc para ver el menú en el navegador predeterminado.
A continuación aparecerá la siguiente pantalla; el progreso se mostrará en la barra de estado. El proceso puede tardar hasta 1 hora en finalizar.
Nota: es normal que el sistema se reinicie varias veces. No apagar la Unidad de adquisición de datos durante el proceso de instalación. Asímismo, es normal que las barras de progreso permanezcan temporalmente atascadas en fases específicas.
Una vez el proceso de reconstrucción haya finalizado, se mostrará la pantalla de inicio de sesión habitual. Tras iniciar sesión, aparecerá el icono de MinKNOW en el escritorio. Si este no aparece, apague y encienda la unidad de adquisición de datos.
La contraseña del dispositivo volverá a su valor predeterminado "prom". Si tiene que actualizar la contraseña predeterminada, aquí encontrará las instrucciones.
Cuando el icono de MinKNOW aparezca en el escritorio, apague la unidad de adquisición de datos. Si desea secuenciar, encienda la unidad de secuenciación seguida de la unidad de adquisición de datos y compruebe que la máquina detecta todas las celdas de flujo insertadas en el dispositivo.
4. Finalizar el proceso de restauración
Ir al Explorador de archivos, seleccionar el icono de expulsión junto al dispositivo USB y expulsar la USB de arranque.
La primera vez que se encienda, el dispositivo puede tardar varios minutos en reconocer el teclado y el ratón.
Pulsar Ctrl+Alt+T, lo que abrirá el terminal
Si el nombre del servidor no se ha mantenido a través del proceso de restauración (debe ser visible en la línea de comandos), escriba:
ont-promethion-serial set NAME_OF_DEVICE
donde NAME_OF_DEVICE es el identificador de serie tal como se incluye en la etiqueta del lateral de la unidad de adquisición de datos. Por ejemplo:
ont-promethion-serial set PC24A0012
Pulsar Aceptar.
Escribir "bash"; a continuación, pulsar Aceptar.
Configurar la red.
Hemos redactado un script para ayudarle a configurar la red. Abrir una ventana del terminal e introducir:
ont-network-settings
Las opciones de este script son:
--dhcp (opcional) - Utilizar DCHP elimina la necesidad de todas las demás características excepto la interfaz, el enlace y la sobrescritura --address ip_address (obligatorio) - Dirección IP del dispositivo --subnet subnet_mask (obligatorio) - Máscara de subred --gateway gateway_address (obligatorio) - puerta de enlace predeterminada --dns DNS_server1,DNS_server2 (obligatorio) - Servidores DNS --search your_domain (obligatorio) - el sufijo de su dominio (por ejemplo, tuempresa.local) --overwrite (opcional) --help - Datos de las opciones anteriores
Para actualizar la configuración, ejecutar el comando adecuado de entre las opciones anteriores con la bandera --overwrite y reiniciar el dispositivo.
Abrir MinKNOW y comprobar si hay actualizaciones disponibles, o buscar actualizaciones en el terminal:
sudo apt update
sudo apt install ont-promethion-release
ont-system-test (no disponible en algunas imágenes ISO)
ont-validate-install
Si la instalación se ha realizado correctamente, debería ver el siguiente mensaje:
This should be complete, please retry any apt commands that failed to work previously
eg: sudo apt install
Tanto los paquetes instalados como nvidia están en buen estado; ont-restore-apt se está restableciendo
Si se han producido problemas en la instalación, ejecutar los siguientes comandos:
sudo apt update
sudo apt dist-upgrade
sudo ont-validate-install
sudo reboot
Si el problema no se resuelve, contacte con el servicio de asistencia técnica en support@nanoporetech.com.
5. Si surgen problemas
Iniciar la pantalla "Platform Rescue and Recovery".
Pulsar en la opción "Format disks and lose /data".
Una vez de vuelta a la siguiente pantalla, pulsar en la opción "Customer Factory Reset im".
Nótese, este proceso tal vez se produzca automáticamente y lleve al paso 4 sin necesidad de intervenir.
Si el sistema tarda más de 20 minutos entre el Paso 2 y el paso a la pantalla siguiente, pulsar "Standard Installation".
Permitir que continúe el restablecimiento de los valores predeterminados.
Nota: es normal que el sistema se reinicie varias veces. No apagar la Unidad de adquisición de datos mientras la instalación esté en curso.
Asímismo, es normal que las barras de progreso permanezcan temporalmente atascadas en fases específicas.
Cuando el reinicio se haya completado, deberá iniciar sesión.
Last updated: 3/20/2025
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