Device operating system update
Protocol
Device operating system update VDOS_9133_v1_revL_25Nov2021
For Research Use Only.
FOR RESEARCH USE ONLY
Contents
GridION 上的操作系统更新
Operating system update on PromethION
概览
For Research Use Only.
1. 下载ISO镜像并刻录至USB硬盘
概览
您可参考下文说明，制作用于测序设备操作系统重建的USB启动盘。
如果您尚未收到带有ISO镜像的USB硬盘，请继续阅读以下步骤。 如果您已经收到USB硬盘，请直接跳至下一步骤：“如何从USB启动”。
重要
即使您已选择保留数据，我们仍强烈建议您将数据传输到备份存储。这是因为在操作系统重建的过程中可能会发生意外情况，比如USB断开、断电等，导致数据损坏。
使用以下链接下载 ISO 镜像：
刻录IOS镜像至USB硬盘
适用于刻录ISO镜像的软件：
- Windows： Rufus
请注意： 另一款ISO刻录工具balenaEtcher不适用于我们的ISO镜像 。您需使用运行 Windows系统的计算机，并可能需要管理员权限来安装Rufus软件。
请使用下述配置刻录 ISO 镜像（须 使用EFI/GPT引导）：
- 分区方案：GPT
- 目标系统：UEFI
USB硬盘须具备如下规格：
- 容量须在32BG及以上
- 推荐使用USB 3.0接口
- 须使用 UEFI 引导选项
请注意： 我们建议使用两个来自不同制造商的USB硬盘进行闪存备份。普通的USB硬盘在重建操作系统时可能会无缘故地出现故障。
2. 如何从USB 硬盘启动
关闭GridION 测序仪。
将制作好的USB启动盘插入测序设备背面、内部为蓝色的USB端口。
如测序设备的序列号为GXB01xxx 或 GXB02xxx，请依照第3步中的情况a操作。如为GXB03xxx，请依照第3步中的情况b操作。
启动GridION 测序仪。
a.当屏幕出现ASRock画面时，按F11键进入启动菜单。
使用光标选择 UEFI USB 启动选项。选择Enter Setup。
b.当屏幕显示ASUS 画面时，按Del键进入启动菜单。使用鼠标，点击Boot Override 区域下的**UEFI: [USB 名称] [USB 信息]**。该操作将触发下一个菜单。
请确保高亮菜单屏幕上的“Customer Factory Reset image”选项。该选项会检测到安装指令并尝试保留现有的网络配置、主机名和/数据分区。接着按回车键。我们建议您在执行此步骤前尽可能备份数据。
| 选项 | 功能 | 何时采用 |
|---|---|---|
| Customer Factory Reset | - 保留网络配置 - 保留主机名（即 PCA1XXX） - 保留数据 - 不 清除元数据或格式化所有磁盘 | - 将设备重置到与镜像名称中反映的 MinKNOW 版本相对应的状态（例如 22.10 ISO = MinKNOW 22.10） - 尝试保留现有数据的情况下将设备重置到已知状态 |
| Reset Install and keep /data | - 保留网络配置 - 保留主机名（即 PCA1XXX） - 保留数据 - 不清除元数据或格式化所有磁盘 | 功能与 Customer Factory Reset选项相同 |
| Format Disks and lose /data | - 不 保留网络配置 - 不保留主机名（即 PCA1XXX） - 不保留数据 - 清除元数据并格式化所有磁盘 | - 数据存储可能出现问题，或者使用了新的未格式化的硬盘（例如硬盘故障或更换） - 当keep /data选项不能解决问题时 |
| SECURE WIPE - can take hours | - 不 保留网络配置 - 不保留主机名（即 PCA1XXX） - 不保留数据 | 仅在技术服务团队要求时使用此选项 - 该选项会将磁盘上的所有数据完全擦除，并写入为0。 |
您将看到下图所示的屏幕内容。选择“Standard Installation”后，会弹出确认提示框，选 择“Okay”。
请注意： 蓝色桌面可能会占满整个屏幕。 您可按Esc键，在默认浏览器中查看菜单。
屏幕将跳转如下图所示界面，您可通过进度条实时查看更新进度。 整个安装过程可能需要约 1 小时。
请注意： 系统多次重启属正常现象。
设备重新启动后，您可能会多次看到下图界面。GridION 可能会停滞在此界面，但至多不应超过30 分钟即会继续。您无需在系统重建过程中与设备交互（即使出现此界面）。
系统重建完成后，屏幕将显示常规登陆界面。 登陆后，桌面上应显示MinKNOW 图标；若未能显示，请关机再重新启动。
之前对设备密码所做的任何更改都将恢复为grid。 如果您需要更新默认密码，请参考 此处的说明。
打开MinKNOW，检查软件是否能够检测到所有测序芯片的位置。如不能，请再次关机然后重新启动。
3. 完成系统恢复
打开文件资源管理器，通过点击USB 启动盘一旁的弹出图标来移除USB 启动盘。
设备在首次启动时可能需要几分钟才能识别键盘和鼠标。
按下“Ctrl+Alt+T”，以打开终端窗口。
主机名应当出现在命令行，如主机名在系统重建过程中未保留，请键入：
ont-gridion-serial set GXBXXXX
其中 GXBXXXXX 是设备背面标签上的序列号。
按回车键。
键入“bash”，然后按回车键，确认已设定主机名。
配置您的网络：
以下脚本可帮助您配置网络。 打开终端窗口，输入以下命令：
ont-network-settings
脚本选项包括：
--dhcp（非必需）-使用DCHP，并仅保留接口、绑定和覆盖这三项属性
--address ip_address（必需）-此GridION的IP地址
--subnet subnet_mask（必需）-此GridION的子网掩码
--gateway gateway_address（必需）-此GridION的默认网关
--dns DNS_server1,DNS_server2（必需）-此GridION的DNS服务器
--search your_domain（必需）-您的域名后缀 （例如，公司名.地域）
--overwrite（非必需）
--help -详细说明上述选项
如需重置设置，请在上述命令选项前使用--overwrite 标志，再关闭设备后重启。
打开MinKNOW，查看是否存在软件更新，或通过终端输入以下命令查看更新：
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release
ont-system-test (not available on some ISO images)
ont-validate-install
如果安装成功，您应该会看到以下消息：
All Packages installed and nvidia is happy, so resetting ont-restore-apt
如果安装不成功，请运行以下命令：
sudo apt update
sudo apt dist-upgrade
sudo ont-validate-install
sudo reboot
如果在关闭设备再重新启动后问题仍未得到解决，请联系技术支持 support@nanoporetech.com。
4. 如您遇到问题
如若构建过程无法正确恢复您的计算机，请将“如何从USB硬盘启动”部分的第4步替换为下述步骤：
选择UEFI选项后，按 回车键 （第3步）。请确保选中屏幕上的Format disks and lose /data，使之保持高亮状态。此选项将重置所有磁盘并重建整个系统。系统重建完成后，您将需要手动设置主机名。
重建过程将清空系统的所有磁盘，并关闭设备、再重新启动。 完成后，请按照“如何从USB硬盘启动”部分步骤4所述，选择“Customer factory reset image”，安装系统。
若“如何从USB硬盘启动”部分步骤5所示屏幕并未出现，而是显示带白色文本的黑屏，请重新启动GridION（按下电源键几秒钟），然后从第3步继续。
在清空系统磁盘的过程中，屏幕上会显示 ASRock 或 ASUS 标志，并有一滚动圆圈。该过程可能需要一些时间，在完成后会重启。
如果您选择了除“secure wipe”以外的标准重置选项之一，且 GridION 在重置过程中崩溃或产生错误，请执行“secure wipe”。
当选择“secure wipe”选项，系统会删除所有数据，并将硬盘完全擦除至已知状态。如果在执行了“secure wipe”和随后的“customer factory reset”后，GridION 仍无法启动，则可能存在硬件故障。请联系我们的技术支持人员 (support@nanoporetech.com) 寻求帮助。
Last updated: 10/28/2023
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