PromethION 2（P2）Solo 是一款紧凑且易用的测序设备，具有与 PromethION 24 和 PromethION 48 相似的灵活性。它专为中小型学术研究实验室、核心实验室和商业服务供应商设计，使样品处理需求较低的用户也能利用高覆盖度的纳米孔测序技术。P2 Solo 每周可进行多达 4 次全长测序，每年可使用200 张测序芯片，每张芯片可生成数百GB的纳米孔测序数据，快速满足大基因组测序的覆盖度需求。此外，在使用 P24或 P48 设备之前，用户可通过 P2 进行高产出纳米孔测序应用和项目的探索。

P2 Solo需要连接外部计算设备以运行 MinKNOW 软件，您可将其插入GridION或独立计算机。

P2 Solo 可以利用GridION 设备作为便捷的计算资源。GridION 的GPU与P2 Solo 兼容，即插即用，能够处理P2 Solo生成的碱基识别数据。此外，GridION操作系统、固态硬盘（SSD）和内存均与P2 Solo兼容，为测序提供了优化的计算资源。

工作站可以是台式机或高性能笔记本电脑。如您希望安装MinKNOW软件但尚不具备GridION，则可使用工作站。碱基识别的性能表现将很大程度上取决于工作站和个人电脑的规格。

下文列举了一些可能符合/或可以配置为符合P2 Solo 推荐规格的笔记本电脑型号/工作站。请注意：该列表并非穷尽。我们尚未对下属计算机进行全面测试，因此购买时存在一定风险，您需自行承担。请确保您的计算机配置与上述列表中的规格相匹配。此外，其他制造商也提供类似选择，我们建议您在本地市场查询供应情况。

电脑示例（截至2024年7月）

• 配备2x A6000 GPUs的Dell Precision 7960
• Dell Precision 7770
• Dell Precision 3660
• Lenovo - ThinkStation P520/P620 Tower
• 配备RTX 4090 GPU 的Alienware Aurora R16 Desk

MinKNOW会按照条款和条件中的规定，在测序运行期间收集遥测信息，以监控设备性能并远程排除故障。由于部分信息源自自由文本字段，因此请您不要填写任何个人身份信息。我们不会收集任何测序数据。

EPI2ME平台是一项由AWS托管、基于云端的数据分析服务，为多个应用程序提供基于云的分析解决方案。用户通过EPI2ME代理上传FASTQ格式的序列数据，再通过EPI2ME门户中预定义的管道进行处理。所得结果以（数据+遥测）或遥测的形式从EPI2ME下载。EPI2ME门户生成的报告基于遥测信息。

您的地理位置决定了用于接收软件更新的IP地址。更新可通过软件用户界面或终端上的 apt 进行，因此需要允许出站访问。我们会在纳米孔社区向用户发布可用更新。您可在发布公告中查看完整的更新说明。

Nanopore测序软件 MinKNOW 可生成三种格式的测序数据：POD5、FASTQ 和 BAM。碱基识别摘要信息存储在sequencing_summary.txt 文件中：

• POD5是由Oxford Nanopore开发的一种用于储存纳米孔数据的文件格式，它易于访问，取代了传统的.fast5 格式。与.fast5 相比，POD5 格式具有以下优点：读取和写入数据的速度更快、使用的计算资源更少、且原始数据文件的大小更小。POD5 文件每10分钟批量生成一次。若启用条形码功能，文件可按条形码拆分，但该功能默认关闭。
• .fast5 是一种基于.hdf5 文件类型的传统文件格式，它含有分析纳米孔测序数据所需的一切信息及其溯源。一份.fast5文件内含多条序列（默认为4000条），文件大小为数百Mb。
• FASTQ是一种基于文本的序列储存格式，它包含DNA/RNA序列及其质量值（Q值）。FASTQ 文件按时间批量生成，默认每 10 分钟生成一个。该频率可调整为每 10 分钟、每小时，或在运行结束时生成单个文件。此外，还可根据序列片段数量拆分文件。
• 如果您对经过碱基识别的数据集进行比对或修饰碱基识别，则会输出BAM 文件。BAM 文件的生成方式与 FASTQ 文件类似。默认情况下不生成 BAM 文件，但在启用比对或修饰碱基识别功能时，会自动启用BAM文件选项。
• sequencing_summary.txt 文本储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于其所包含的序列片段数目。

下表中的文件大小是基于单张测序芯片在不同通量下的估值，文件格式分别为 POD5、FASTQ 和BAM ，序列片段的N50为23kb。TMO = 理论最大产出（theoretical maximum output）。

随着实验的推进，所有的序列片段会以.POD5格式产出。如您希望对数据进行碱基识别，MinKNOW软件会根据序列数据生成测序数据，并以 FASTQ 和/或 BAM 格式存储。

请务必实时传输数据，以防因存储空间不足导致测序中断（此类情况常见于高规格笔记本电脑）。为此，客户需要确保测序设备与本地基础设施或外置SSD之间的网络带宽足够，以避免数据堆积。我们建议以NFS或CIFS格式储存数据。实时传输的数据应存储在固态硬盘（SSD）上，而非机械硬盘（HDD），因SSD的写入速度更快。数据写入 SSD 后，用户可将其转移至写入速度较慢的硬盘进行长期存储。

数据的存储形式和数量取决于您的需求，以及您是否希望在未来算法改进时重新对测序数据进行碱基识别。

• 如您将原始序列数据以.POD5 格式存储，则可在Oxford Nanopore Technologies更新算法时重新进行碱基识别，从而提高现有数据的识别准确性。同时，一些由Oxford Nanopore和第三方开发的工具可以从.POD5文件所包含的原始信号信息中提取出更多信息，例如修饰碱基识别、有参SNP（单核苷酸多态性）识别或数据修正。
• 如仅保留.fastq文件，用户将无法重新进行碱基识别，但可将其中的 DNA/RNA 序列用于下游分析。

由于数据存储方式多样，Oxford Nanopore无法提供具体的存储建议。并请您在传输数据时，注意以下要求。

如您将GridION与P2 Solo配合使用并需要额外的SSD存储，请确保使用位于设备背面的USB或宽带网端口。请勿使用白色矩形USB端口或位于设备正面的USB端口（如果您的GridION具有前置 USB 端口）。

请使用GridION背面的蓝色USB Type-A 端口（见下图）。如您使用宽带网，为减少延迟，请确保电缆长度尽量短，且带宽传输能力在 1 Gbps（CAT5e）以上。

更多有关 PromethION 2 Solo 的信息和常见问题，请参阅 P2 Solo 自助服务页面。