Modelo

GridION Mk1 (GRD-MK1 or GRD-X5B003)

El GridION es un dispositivo de sobremesa de secuenciación por nanoporos, diseñado para realizar y analizar a la vez hasta cinco celdas de flujo MinION o Flongle o una combinación de ellas. Resulta perfecto en laboratorios que trabajen en múltiples proyectos y necesiten aprovechar las ventajas de la secuenciación por nanoporos, como la:

• Preparación sencilla de bibliotecas
• Adquisición de datos y análisis en tiempo real
• Comprensión biológica a partir de lecturas largas

El GridION posee capacidad de procesamiento integrada, lo que posibilita la adquisición, el análisis y la retroalimentación de datos, la identificación de bases, la transmisión de datos y la gestión del dispositivo, todo ello sin depender de una infraestructura informática externa. Así disminuye la necesidad de configuración adicional y se simplifica la implementación.

Oxford Nanopore Technologies proporciona un programa personalizado y preinstalado que gestiona todo el proceso de secuenciación en el GridION.

Lista de comprobación

Esta lista de comprobación describe los requisitos informáticos y de infraestructura mínimos para instalar el GridION Mk1 en su institución. Encontrará una explicación detallada de cada elemento en las secciones siguientes.

Elemento/configuración necesaria	Función
1 puerto ethernet de 1 Gb/s con DHCP o IP estática	Conexión a la infraestructura informática y a Internet
1 cable ethernet de 1Gb/s	Conexión a la infraestructura informática y a Internet
Teclado USB con cable y ratón	Manejo del equipo
Monitor compatible con DisplayPort o HDMI Resolución de pantalla recomendada: 1920 × 1080	Gestión del dispositivo
1 toma de corriente de 100-240 V CA (50/60 Hz)	Alimentación del dispositivo
Sistema de alimentación ininterrumpida (SAI) (opcional: más información a continuación)	Estabilidad del suministro eléctrico
Almacenamiento: Infraestructura local suficiente que soporte los requisitos de almacenamiento	Almacenamiento de datos en tiempo real y a largo plazo

*El tamaño de almacenamiento necesario dependerá de cada caso. En las siguientes secciones se proporcionan algunas pautas.

Requisitos de alimentación eléctrica y SAI

La fiabilidad del suministro eléctrico es fundamental para proteger los experimentos de secuenciación y garantizar un funcionamiento estable del dispositivo. Recomendamos vivamente el uso de sistemas de alimentación ininterrumpida (SAI) para proteger tanto el GridION Mk1 como cualquier monitor conectado.

¿Por qué utilizar un sistema de alimentación ininterrumpida (SAI)?

El SAI proporciona energía de reserva y regulación de la tensión. En caso de corte o fluctuación del suministro eléctrico, es capaz de:

• Mantener el sistema en funcionamiento durante varios minutos.
• Activar alertas que permitan pausar los experimentos de secuenciación o detenerlos de forma segura.
• Ayudar a evitar problemas provocados por un suministro eléctrico inestable o de mala calidad.

Características técnicas recomendadas del SAI

La opción más adecuada dependerá de la configuración del lugar de instalación, incluidos el espacio, el acceso a la red eléctrica y el presupuesto. Recomendamos consultar con el personal de mantenimiento de su institución o con un electricista cualificado a fin de determinar cuál es la instalación más adecuada en su laboratorio.

Parámetro	Requisitos mínimos
Potencia nominal	1,5 kVA
Tipo de SAI	En línea / de doble conversión
Tiempo de conmutación	< 5 ms
Autonomía de la batería	≥5 min (garantiza un apagado seguro o el cambio al generador)
Tipo de salida	Onda sinusoidal pura
Tensión de salida	200-240 V CA a 50/60 Hz
Cables de alimentación	Deben estar certificados con una capacidad mínima de 10 A 250 V CA y ser compatibles con los conectores C13 del GridION

Deberá disponer de un SAI propio. Oxford Nanopore Technologies™ no valida ni suministra modelos específicos. La selección, la instalación y el mantenimiento son responsabilidad suya.

Prácticas recomendadas en la gestión de energía

Aunque el GridION está diseñado con criterios de solidez y disponibilidad, recomendamos apagarlo cuando vaya a permanecer sin uso durante periodos prolongados (por ejemplo, fines de semana o entre ejecuciones experimentales). De este modo, se consigue:

• Reducir el consumo de energía: pequeños cambios en laboratorios e instituciones contribuyen a grandes ganancias ambientales.
• Prolongar la vida útil del equipo: una menor demanda de energía reduce la sobrecarga térmica y el desgaste de los componentes.
• Evitar un deterioro innecesario: las unidades de estado sólido, los ventiladores y fuentes de alimentación se benefician de periodos de inactividad.

Recomendamos efectuar un ciclo completo de encendido y apagado al menos una vez al mes a fin de mantener el rendimiento óptimo. Prácticas recomendadas de encendido:

• Apagar el dispositivo mediante el proceso de apagado normal del programa.
• Apagar el dispositivo desde la toma de corriente o desenchufar el dispositivo.
• Esperar al menos 60 segundos hasta que los componentes internos (como los condensadores) se descarguen por completo.
• Enchufar de nuevo el dispositivo y encenderlo.

Preparativos previos a la instalación

• El sistema SAI debe ser compatible con el voltaje, el tipo de enchufe y la protección de circuitos de su región.

• Siga las instrucciones de instalación del SAI proporcionadas por el fabricante y consulte a un electricista profesional cuando sea necesario.

• Forme al personal pertinente en los procedimientos de apagado seguro.

• Siempre que sea posible, instale el SAI antes de la entrega del sistema y evite retrasos.

• Oxford Nanopore Technologies no incluye los dispositivos SAI suministrados por el cliente en sus planes de asistencia técnica.

Requisitos de red y conectividad

Antes de instalar el dispositivo, necesitará 1 cable Ethernet (Cat5e o superior) y acceso a una red que proporcione una dirección IP asignada mediante DHCP o configurada de forma estática.

Requisitos de acceso a la red

El sistema utiliza sólo conexiones salientes a través de los puertos TCP 80 y 443 y no requiere acceso entrante.

Oxford Nanopore Technologies no tiene acceso a distancia a su sistema.

Dominios necesarios

En la tabla siguiente se indican los dominios a los que se debe poder acceder según las funciones específicas del sistema:

Tipo de acceso	Función	Dominios requeridos
Telemetría	Permite a MinKNOW ejecutar y comunicar información de telemetría	ping.oxfordnanoportal.com
Actualizaciones de programas y del sistema operativo	Acceso a las actualizaciones de MinKNOW, paquetes del sistema operativo y controladores de GPU	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME™ Labs	Acceso a flujos de análisis bioinformático en contenedores	*.github.com hub.docker.com
Inicio de sesión con una cuenta Nanopore	Necesario para iniciar sesión en su cuenta Nanopore y acceder a los servicios en la nube	id.nanoporetech.com *.okta.com

Si su institución utiliza un servidor intermediario o cortafuegos, compruebe que se permita el acceso saliente a estos dominios y evite problemas con el funcionamiento del programa, las actualizaciones o la validación de usuarios.

Telemetría

MinKNOW y EPI2ME recopilan datos de telemetría durante su uso, según lo establecido en nuestros Términos y condiciones. Esta información ayuda a supervisar el rendimiento del dispositivo, facilita la resolución de problemas y permite el reemplazo de celdas de flujo en garantía, cuando corresponda.

Nota sobre privacidad: Algunos campos de telemetría permiten la introducción de texto libre. Evite introducir en ellos información que facilite la identificación de personas. Nosotros no recogemos ningún dato de secuenciación.

• La conexión del SAI al GridION Mk1 debe realizarse con cables de capacidad nominal adecuada (10 A, 250 V CA).

• Programe un mantenimiento regular del SAI, a fin de garantizar una protección continua.

Tipos de archivos

El sistema almacena los datos de secuenciación por nanoporos en los siguientes tipos de archivo:

• FASTQ - Formato de texto que almacena secuencias de ADN o ARN junto con sus índices de calidad.

• BAM - Formato binario que contiene lecturas alineadas, incluidas las bases modificadas (por ejemplo, metilación).

• sequencing_summary.txt - Archivo que contiene metadatos de todas las lecturas con bases identificadas generadas en un experimento de secuenciación. Lo que incluye información como el identificador de lectura, la longitud de secuencia, la puntuación Q-score por lectura y la duración de lectura. El tamaño de un archivo de resumen de secuencias dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Opcional:

POD5 - Formato principal de datos sin procesar, que reemplaza al obsoleto .fast5. Es más eficaz tanto en almacenamiento como en procesamiento.

La siguiente tabla proporciona los requisitos de almacenamiento estimados en función del volumen de datos generado por una celda de flujo. Estos valores presuponen una ejecución que guarde archivos POD5, FASTQ y BAM, con una longitud de lectura N50 de 23 kb.

Producción de celda de flujo (GBases)	Almacenamiento en POD5 (Gbytes)	Almacenamiento en FASTQ.gz (Gbytes)	BAM no alineado con modificaciones (Gbytes)
10	70	6,5	6
15	105	9,75	9
30	210	19,5	18

Importante: cuando la identificación de bases esté activada, el sistema generará archivos FASTQ o BAM y necesitará almacenamiento adicional temporal mientras continúe la secuenciación. Si se activa la salida en POD5, el sistema generará archivos en este formato de forma continua durante el experimento.

Análisis en EPI2ME

La aplicación de escritorio EPI2ME ofrece soluciones de análisis definidas por el usuario, tanto locales como en la nube:

• El análisis local se realiza directamente en el ordenador del usuario, con los recursos informáticos disponibles.

• El análisis en la nube se realiza a través de Amazon Web Services (AWS) y requiere una conexión a Internet.

Encontrará más información sobre cómo EPI2ME puede cubrir sus necesidades de análisis aquí. Formatos admitidos en la carga de datos: EPI2ME admite archivos FASTQ, BAM y otros formatos relacionados, procesa los datos mediante flujos bioinformáticos de Nextflow y genera informes interactivos en HTML.

Actualizaciones

Es posible descargar las actualizaciones desde la interfaz de MinKNOW o mediante el terminal (con el comando apt). El sistema requiere acceso solo de salida. Cuando hay actualizaciones disponibles, lo notificamos a través de la comunidad Nanopore y proporcionamos instrucciones en cada nota de lanzamiento.

Transferencia de datos

El GridION Mk1 tiene suficiente espacio en el disco SSD para realizar múltiples experimentos de secuenciación y almacenar los datos en archivos POD5, FASTQ y BAM. Sin embargo, es esencial limpiar regularmente la memoria de datos, a fin de prevenir que futuros experimentos se paren debido a falta de espacio. Para ello, debe disponerse de un sistema de almacenamiento que permita transferir datos desde el dispositivo.

El GridION funciona con Ubuntu y permite montar varios tipos de sistemas de archivos. Recomendamos utilizar almacenamiento compartido mediante NFS o CIFS. La forma y el volumen de datos que se almacenen dependerá de sus necesidades:

• Es posible almacenar los archivos POD5 con los datos de lecturas sin procesar o eliminarlos. Si se desea realizar una nueva identificación de bases más adelante, en MinKNOW hay una opción que permite guardar archivos POD5 sin procesar.

• Conservar solo los archivos FASTQ o BAM permitirá utilizar herramientas estándar de análisis con secuencias de ADN o ARN.

Tiempo estimado de transferencia

La siguiente tabla proporciona tiempos de transferencia aproximados correspondientes a distintas configuraciones de celdas de flujo, con conexiones de 1 Gb/s y 2,5 Gb/s.

Configuración de celda de flujo	Tiempo de transferencia de 1 Gb/s	Tiempo de transferencia de 2,5 Gb/s
1 celda de flujo de 30 gigabases	~1 h	~0,5 h
5 celdas de flujo de 30 gigabases	~5 h	~2 h
2 celdas de flujo de 200 gigabases	~14 h	~6 h

Utilice esta información para evaluar las necesidades de ancho de banda de su laboratorio y planifique la infraestructura en consonancia con ello.

Recomendaciones de almacenamiento

A fin de garantizar una gestión de datos estable y un acceso prolongado a la información, tenga en cuenta las siguientes estrategias de almacenamiento:

• Almacenamiento a corto plazo Utilice almacenamiento en red con unidades SSD (por ejemplo, NFS o CIFS) a fin de transmitir datos a gran velocidad durante los experimentos de secuenciación activos.

• Almacenamiento a largo plazo Finalizada la secuenciación, es posible transferir los datos a soluciones de almacenamiento más lentas y rentables.

• Consideraciones sobre el formato de los archivos

  • Guardar en archivos POD5 si tiene previsto volver a identificar las bases más adelante o utilizar herramientas que requieran acceso a los datos eléctricos originales.
  • Guardar en archivos FASTQ si va a analizar los datos y no necesita volver a procesar los datos originales.

Oxford Nanopore Technologies no establece volúmenes de almacenamiento o arquitecturas concretos, ya que estos requisitos varían según la ubicación. Recomendamos colaborar con el equipo informático de su institución a fin de definir lo siguiente:

• Infraestructura de transmisión de datos en tiempo real

• Almacenamiento rápido a corto plazo

• Capacidad de archivo a largo plazo

Identificación del dispositivo

Referencia:

GRD-MK1 or GRD-X5B003 - GridION Mk1

Uso previsto

El GridION es una plataforma de análisis mediante detección electrónica diseñada para utilizarse en investigación científica. Su tecnología principal se basa en un nanoporo capaz de detectar actividad en una sola molécula, incluidos los ácidos nucleicos (ADN/ARN), las proteínas y otras pequeñas biomoléculas.

Este producto es para uso exclusivo en investigación.

Información sobre seguridad

Antes de utilizar el dispositivo, revise las siguientes recomendaciones de seguridad:

• Instale el sistema en una superficie estable con ventilación adecuada.
• Mantenga el entorno limpio y alejado de ventanas abiertas.
• Deje 30 cm de espacio libre en la parte frontal, posterior y a los lados del dispositivo.

Procedimientos de emergencia

En caso de emergencia:

• Apague el dispositivo desde el interruptor de encendido.
• Desenchufe los cables de alimentación de la parte posterior del dispositivo.

Declaración de conformidad

El GridION Mk1 cumple las directivas pertinentes sobre CEM y seguridad eléctrica, como se indica en la Declaración de conformidad CE que figura a continuación.

Declaration of Conformity for the GridION Mk1

Etiquetas reglamentarias

Etiquetas en el GridION Mk1:

GridION Mk1 compliance label 1

GridION Mk1 compliance label 2

Licencia y garantía

El contrato de licencia y garantía garantiza que el dispositivo funcione de manera óptima, al ofrecer el equipo y el paquete de programas más actualizados. El contrato garantiza el cumplimiento de las obligaciones de asistencia de Oxford Nanopore Technologies durante el periodo contractual, tal y como se establece en las secciones 4 y 7 de los Términos y condiciones de los productos Nanopore.

Encontrará más información sobre la garantía del dispositivo en la tienda de Oxford Nanopore.

¿Tenéis alguna recomendación para transferir datos en tiempo real desde el GridION, durante un experimento de secuenciación?

En la actualidad, recomendamos transferir datos con rsync y ejecutarlo cada hora a través de crontab. Para más información, escriba a support@nanoporetech.com.

Oxford Nanopore Technologies envía los dispositivos GridION en un embalaje de protección. Si observa algún daño en la caja o indicios de manipulación indebida, rechace la entrega y notifíquelo al Servicio de Atención al Cliente en support@nanoporetech.com.

Almacenamos y enviamos todos los equipos a temperatura ambiente (entre 15 ˚C y 25 ˚C).

Nótese que el GridION Mk1 se envía por separado de los kits y las celdas de flujo.

Características del envío

Peso (kg)	Dimensiones (Al × An × Pr)
15	29 × 48 × 48 cm

El GridION Mk1 es compatible con las versiones más recientes de la química utilizada en las celdas de flujo MinION/GridION, así como con los kits de secuenciación y los complementarios.

Esta compatibilidad incluye:

• Celdas de flujo:

  • Celdas de flujo MinION/GridION serie R10 (FLO-MIN114)
  • Celdas de flujo Flongle serie R10 (FLO-FLG114)
  • Celdas de flujo MinION RNA004 (FLO-MIN004RA)

• Kits: El GridION es compatible con todos los kits que utilizan la química V14, incluidos los de ligación, secuenciación rápida, etiquetado, PCR, ADNc y de ARN directo. No hemos probado los siguientes:

  • Multiplex Ligation Sequencing Kit V14 (SQK-MLK114.96-XL)
  • RNA Sequencing Kit XL (SQK-RNA004-XL)

• Programas de secuenciación más recientes: MinKNOW, Dorado Basecall Server

• Herramientas de análisis: EPI2ME (y los flujos de trabajo que incluye), los flujos bioinformáticos de Oxford Nanopore (compatibles con MinKNOW) y las herramientas personalizadas desarrolladas por la comunidad Nanopore.