PromethION 24/48 user manual
Protocol
PromethION 24/48 user manual VPIC_1013_v1_revZ_12Nov2019
This guide will help you install, check and configure your PromethION 24, PromethION 48 or PromethION 24/48 A-Series.
Our PromethION 24/48 FAQs are located here.
For Research Use Only.
FOR RESEARCH USE ONLY
Contents
Overview
Installation
- 2. What's in the box
- 3. Installing and powering on the device
- 4. Network settings and connection
- 5. Changing the default password and hostname
- 6. (Advanced) Updating the timezone and setting a local NTP server
- 7. Hardware check
Pre-sequencing checks and sequencing run
After completing a sequencing run
Updating the software
- 12. Actualizar el programa a través de la interfaz de usuario
- 13. (Advanced) Updating the software via the Terminal
Operating system update on PromethION
- 14. Downloading the ISO image and burning it to a USB drive
- 15. Preparing the PromethION for UEFI boot
- 16. How to boot from USB
- 17. Completing the restore
- 18. If problems are encountered
Resolución de problemas
Overview
This guide will help you install, check and configure your PromethION 24, PromethION 48 or PromethION 24/48 A-Series.
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1. Device information
The PromethION 24 and 48
The PromethION is a benchtop device designed to run up to 24 (for PromethION 24 and PromethION 24 Combined) or 48 (for PromethION 48) flow cells. Each flow cell is independently addressable, meaning that experiments can be run concurrently or individually. Integrated compute in the PromethION enables real-time data streaming and analysis.
Technical specification
| Component | Specification |
|---|---|
| Size and weight | PromethION 24 Sequencing Unit: H190 x W590 x D430 mm Weight 23 kg PromethION 48 Sequencing Unit: H190 x W590 x D430 mm Weight 30 kg Data Acquisition Unit: H470 x W178 x D440 mm Weight 26 kg |
| Power | 2x for Data Acquisition Unit C13 cables included with device Mains supply voltage: 200-240 VAC (50/60 Hz) Peak power consumption: 2,450 W 1x for Sequencing Unit C13 cable included with device Mains supply voltage: 100-240 VAC (50/60 Hz) Peak power consumption: 1,200 W |
| Compute specification | PromethION P24: 30 TB SSD Storage, 384 GB RAM PromethION P48: 60 TB SSD Storage, 384 GB RAM PromethION 24/48 A100: 60 TB SSD Storage, 512 GB RAM, 4x Ampere-Series GPUs Common features: Intel CPU for Ubuntu OS and basecalling orchestration PromethION Accelerator |
| Pre-loaded software | Ubuntu OS, PromethION OS, MinKNOW |
| Environmental conditions | Designed to sequence at +18ºC to +22ºC* |
*Functional range of electronics +5ºC to +40ºC
FAQs
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2. What's in the box
PromethION 24/PromethION 48 packaging
PromethION 24/48 A-Series
This device ships to most countries worldwide. The device is shipped in two separate boxes: one for the Data Acquisition unit and one for the Sequencing Unit. The devices are stored and shipped at ambient temperature (15–25°C).
PromethION 24 Combined
This device ships to selected countries worldwide. The Data Acquisition Unit and Sequencing Unit that make up The PromethION 24 Combined are shipped in one box. The device is stored and shipped at ambient temperature (15–25°C). The PromethION 24 Combined must only be unpacked and installed by an Oxford Nanopore Technologies Field Service Engineer.
What's in the box - PromethION 24
- PromethION 24 Sequencing Unit
- PromethION 24 Data Acquisition Unit
- 3x Country-specific C13 cables
- 24x Configuration Test Cells (CTCs)
- 2x PCIe cables
- 2x USB-A/Mini USB cable
- 1x USB-A/USB B cable
- 1x MiniDP/Display port cable
- 1x USB-A stick (ISO reset image)
- 1x USB-C/USB-A adapter
What's in the box - PromethION 48
What’s in the box: 1. PromethION 48 Sequencing Unit 2. PromethION 48 Data Acquisition Unit 3. 3x Country-specific C13 cables 4. 48x Configuration Test Cells (CTCs) 5. 3x PCIe cables 6. 3x USB-A/Mini-USB cable 7. 1x USB-A/USB-B cable 8. 1x MiniDP/Display port cable 9. 1x USB-A stick (ISO reset image) 10. 1x USB-C/USB-A adapter
3. Installing and powering on the device
Preparing for installation
The following should be available before installing the device: - SFP+ modules and cabling for 2x 10 Gbps fibre OR cabling for 2x 10 Gbps Copper (Ethernet - Cat6a or above) - A single Copper cable for hardware check
- Fibre OR Copper ports providing: - IP address through DHCP - Outbound-only access to the internet over ports 80 and 443
- 1x VGA-capable monitor (for original PromethION 24/48 Data Acquisition Unit)
- 1x VGA-capable/DisplayPort-capable monitor (for new PromethION A-Series Data Acquisition Unit)
- 1x VGA cable
- 1x USB connected keyboard
- 1x USB connected mouse
- 3x Power supplies/wall sockets for the PromethION Data Acquisition Unit and Sequencing Unit - 1x Power supply/wall socket for a monitor
- Optional: UPS solution with C14 cables
Recommended laboratory location
- Place the device on a strong, clean laboratory bench. If you are using a PromethION 24 Combined, the device needs to be installed with the Sequencing and Data Acquisition units next to each other. The bench space required for a PromethION installation is 167 cm x 75 cm
- Ensure power, Ethernet and/or Fibre connectors are in close proximity
- Ensure power socket is easily accessible should a disconnection be required in case of emergency
- Sequencing should be carried out at a room temperature of +18°C to +22°C with device doors closed prior to sequencing beginning
- Allow 30 cm clearance to rear and sides of the device to ensure correct airflow
- Do not cover any ventilation grills
- WARNING - The rear of the device will heat up during operation
Unpack the device and place it on the bench where it is to be run.
Place the Sequencing Unit on the bench where it is to be run and the Data Acquisition Unit within two meters of the Sequencing Unit.
If you are using the PromethION 24 Combined, the device must only be unpacked and installed by an Oxford Nanopore Technologies Field Service Engineer. Once your device has been correctly installed, proceed from step 9.
PromethION 24 Sequencing and Data Acquisition Units
PromethION 48 Sequencing and Data Acquisition Units
MEDIDA OPCIONAL
Optional: insert the SFP+ modules into the ports shown below.
If the fibre optic cables are to be used, then you must insert your chosen SFP+ modules into the ports on the rear of the Data Acquisition Unit.
Connect the data cabling into the appropriate port shown below.
For the hardware check, a single copper cable should be used and connected to a port with a DHCP service running.
Download the latest software, then complete full network configuration after the hardware check.
See the Network configuration section in this document to set up single vs dual connectivity and copper vs fibre connections.
This is the first step of the inter-unit connections. Connect the PCIe cables between your Sequencing Unit and Data Acquisition Unit.
PromethION 24 Connect the PCIe cables to the rear of the Sequencing Unit and the rear of the Data Acquisition Unit.
Note There is a port-to-cable colour requirement on both units.
PromethION 48 Connect the PCIe cables to the rear of the Sequencing Unit and the rear of the Data Acquisition Unit.
Note There is a port-to-cable colour requirement on both units.
This is the second step of the inter-unit connections. Connect the USB cables between the Data Acquisition Unit and Sequencing Unit.
PromethION 24 Connect:
- 2x USB A – Mini USB
- 1x USB A to USB B
from the Data Acquisition Unit to the Sequencing Unit (see the diagram below):
PromethION 48 Connect:
- 3x USB A – Mini USB
- 1x USB A to USB B
from the Data Acquisition Unit to the Sequencing Unit (see the diagram below):
Connect peripheral devices to the appropriate ports.
Plug in the following:
1a. Monitor VGA cable (if using original PromethION 24/48 Data Acquisition Unit) 1b. Monitor VGA/miniDP cable* (if using the PromethION A-Series Data Acquisition Unit) 2. USB keyboard 3. USB mouse into the remaining USB A port.
* Use either the miniDP output or the VGA output. It is not possible to use both outputs simultaneously.
Two C13 power cables will plug into the Data Acquisition Unit and one C13 power cable will plug into the Sequencing Unit.
Insert two of the supplied C13 cables into the top of the Data Acquisition Unit, and the third into the Sequencing Unit. Connect all to a mains power supply.
Note: You will be provided with at least three C13 cables with plugs for your country of use.
Turn on the power at the mains supply. Then turn on the PromethION units in the order below:
- Turn on the Sequencing Unit
- Wait for 3 minutes
- Turn on the Data Acquisition Unit
Hacer doble clic en el icono de MinKNOW, ubicado en el escritorio.
Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW usando los datos de acceso de la comunidad Nanopore.
Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.
En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.
El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:
Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.
Select the sequencing device in the Connection Manager to connect to the computer.
You will be taken to the Sequencing Overview, displaying the connected flow cells.
4. Network settings and connection
ATENCIÓN
Changing your network configuration
The network parameters for your PromethION 24 or PromethION 48 must be suited to your local network.
WARNING! Changing the network parameters on your PromethION may leave your device non-functional.
If you are uncertain about which parameters to use to configure your PromethION network settings, please contact your IT department.
Networking requirements
Your PromethION can use copper or fibre interfaces for connecting to your local infrastructure. The type of port is labelled on the diagram of the back of the PromethION below:
This connection will be used for:
- Sending telemetry* information to Oxford Nanopore Technologies
- Receiving software and firmware updates to the device
- Streaming biological sequence data to your local storage infrastructure
To implement the PromethION into the local infrastructure, *all appropriate cabling must be provided by the customer.
* Telemetry contains metadata about the settings and conditions of a sequencing run. Nothing specific about the genomic content of individual reads is included - only generic information is logged, such as sequence length and q-score.
Copper or fibre data transfer connections can be used - but not both.
You can run with copper or fibre connections for your data transfer. We do not recommend one over the other, however, it is down to your local network environment for which connectivity you may prefer to use.
Note: Please only attach copper or fibre cables. Using both is not supported and will cause networking issues.
A summary of the connectivity options is shown in the diagram below. Please consult the instructions below to ensure the PromethION network connections are set up correctly.
Instructions for setting up a copper connection
Single copper port on DHCP service
- Open a Terminal window and enter the following command:
ont-network-settings --dhcp --interfaces eno2 --overwrite
2. Power cycle the PromethION.
Connections: Use only the lower RJ45 port for this configuration. 
Dual copper ports on DHCP service
- Open a Terminal window and enter the following command:
ont-network-settings --dhcp --interfaces copper --bond failover --overwrite
2. Power cycle the PromethION.
Note: If using LACP/Cisco/802.3ad, then enter:
--bond lacp
Connections: Use both RJ45 ports for this configuration. 
Dual copper ports with a static IP address
- Open a Terminal window and enter the following command:
ont-network-settings --address 1.1.1.1 --subnet 255.255.255.0 --gateway 1.1.1.254 --dns 1.1.1.2,1.1.1.3 --search mycompany.local --bond failover --interfaces copper --overwrite
2. Power cycle the PromethION.
Note: You must change the IP addresses above according to your site's network configuration.
Connections: Use both RJ45 ports for this configuration; however, the configuration will also function with only the bottom port occupied. 
Instructions for setting up a fibre connection
Single fibre port on DHCP service
- Open a Terminal window and enter the following command:
ont-network-settings --dhcp --interfaces enp129s0f1 --overwrite
2. Power cycle the PromethION.
Connections: Use the right fibre port for this configuration:
Dual fibre ports on DHCP service
- Open a Terminal window and enter the following command:
ont-network-settings --dhcp --interfaces fibre --bond failover --overwrite
2. Power cycle the PromethION.
Note: If using LACP/Cisco/802.3ad, then enter:
--bond lacp
Connections: Use both fibre ports for this configuration. 
Dual fibre ports with a static IP address
- Open a Terminal window and enter the following command:
ont-network-settings --address 1.1.1.1 --subnet 255.255.255.0 --gateway 1.1.1.254 --dns 1.1.1.2,1.1.1.3 --search mycompany.local --bond failover --interfaces fibre --overwrite
2. Power cycle the PromethION.
Note: You must change the IP addresses above according to your site's network configuration.
Connections: Use both fibre ports for this configuration; however, the configuration will also function with only the right port port occupied. 
Validate the IP address
You can use the command: ifconfig to validate that the IP address has been set correctly using a static or DHCP address.
The returned information will contain the IP address for the Ethernet link, as below:
prom@PRO00001:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST> mtu 1500
inet 172.17.0.1 netmask 255.255.0.0 broadcast 172.17.255.255
ether 02:42:35:39:60:40 txqueuelen 0 (Ethernet)
RX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
RX errors 0 dropped 0 overruns 0 frame 0
TX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
TX errors 0 dropped 0 overruns 0 carrier 0 collisions 0
eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST> mtu 1500
inet 10.150.60.13 netmask 255.255.255.0 broadcast 10.150.60.255
inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611 prefixlen 64 scopeid 0x20<link>
ether 3c:7c:3f:be:02:81 txqueuelen 1000 (Ethernet)
5. Changing the default password and hostname
Ir a la configuración del servidor para acceder a la Configuración del dispositivo.
En el cuadro Sistema, hacer clic en Restablecer la contraseña.
En el cuadro de diálogo Cambiar la contraseña, introducir la contraseña actual, seguida de la nueva contraseña.
Hacer clic en Restablecer contraseña.
(Avanzado) Cambiar el nombre del servidor predeterminado
- Para actualizar el nombre del servidor en el dispositivo, ejecutar el siguiente comando y reemplazar la parte
<new_hostname>por el nombre de servidor deseado (omitiendo los corchetes angulares<>):
sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>
- Apagar el dispositivo con el siguiente comando y, acto seguido, pulsar el botón de encendido:
sudo shutdown -h now
6. (Advanced) Updating the timezone and setting a local NTP server
Actualizar la zona horaria:
Primero hay que encontrar el nombre de la zona horaria deseada escribiendo el comando:
sudo timedatectl list-timezones
A continuación, cambiar la zona horaria utilizando los siguientes comandos:
sudo su -
Timezone="Europe/London"
timedatectl set-timezone $Timezone
systemctl restart systemd-timesyncd
Establecer un servidor local NTP:
Nota: si se utiliza un servidor horario externo de Internet, es necesario tener acceso a un protocolo NTP, puerto 123.
Introducir los siguientes comandos:
NTPserver="ntp.ubuntu.com" timedatectl set-ntp false cat << EOF > /etc/systemd/timesyncd.conf # See timesyncd.conf(5) for details.[Time] NTP=$NTPserver EOF systemctl stop ntp ntpdate $NTPserver systemctl disable ntp timedatectl set-ntp true hwclock –systohc timedatectl set-local-rtc 0
Es posible que aparezcan algunos mensajes de error, pero pueden ignorarse. Comprobar si el proceso ha funcionado escribiendo:
timedatectl status
Nota: tal vez tarde varios minutos en sincronizarse con el servidor NTP.
7. Hardware check
IMPORTANTE
Examinar el equipo
La comprobación del equipo debe realizarse en todos los dispositivos nuevos y cada vez que se actualice el programa.
Load all the CTCs that came with the device into the flow cell positions.
All the strips should be loaded with CTCs.
Note:
- A PromethION 24 has three strips that contain a total of 24 flow cell positions.
- A PromethION 48 has six strips that contain a total of 48 flow cell positions.
The MinKNOW UI recognises the CTCs as they are loaded, and the LED adjacent to the flow cell will first show blue (initialising), followed by green (ready).
Close all of the doors on the top of the Sequencing Unit once the CTCs are loaded.
IMPORTANTE
Correct insertion of PromethION CTCs
Note that regular flow cells are shown in the images, however the recommendations apply equally to CTCs.
Line up the CTC with the connector (horizontally and vertically) and smoothly insert it into position.
Press the CTC down firmly into the loader, and ensure that the latch engages.
Insertion of the CTC at the wrong angle can damage the pins on the PromethION:
Once the flow cells are correctly loaded into the PromethION, the flow cells undergo an automatic hardware check:
- Green tick: flow cell has passed
- Red tick: flow cell needs to be re-inserted
Ir a la página de inicio y hacer clic en la opción "Examinar el equipo".
Select all the CTCs in the UI and click Start for the check to begin.
Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.
Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.
Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo). 
FIN DEL PROCESO
La comprobación del equipo tardará aproximadamente un minuto.
Si la comprobación del equipo resulta aprobada, se indicará con un icono de verificación verde.
Si se produce un error se indicará con un icono de verificación naranja.
Si la comprobación del equipo falla, retirar la celda de prueba CTC, volver a insertarla y ejecutar de nuevo la comprobación del equipo. Si la verificación falla por segunda vez, contacte con el servicio de asistencia técnica por correo electrónico (support@nanoporetech.com) o a través del LiveChat en la comunidad Nanopore.
IMPORTANTE
Do not store the CTCs in the flow cell positions when the platform/position is not in use.
Do not leave the CTCs in the Sequencing Unit flow cell positions once the unit is powered down, and do not insert the CTCs until the Sequencing Unit is powered on and the position is required for a Hardware check.
Store the CTCs in dry conditions at room temperature.
8. Flow cell check
Consumibles
- Celda de flujo PromethION
Instrumental
- Dispositivo PromethION 24/48
Verificar la celda de flujo
Antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN, se debe verificar la celda de flujo para hacer un recuento del número de poros disponibles.
Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo con un número de poros activos inferior al indicado por la garantía, siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la verificación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento.
| Celdas de flujo | Número mínimo de poros activos cubierto por la garantía |
|---|---|
| Celdas de flujo Flongle (FLO-FLG001) | 50 |
| Celdas de flujo MinION/GridION | 800 |
| Celdas de flujo PromethION | 5000 |
IMPORTANTE
Una vez sacadas de la nevera, esperar 20 minutos antes de insertar las celdas de flujo en el dispositivo y así darles tiempo a que estén a temperatura ambiente. En entornos húmedos se puede formar condensación. Inspeccione las clavijas doradas del conector, situadas en la parte superior e inferior de la celda de flujo, en busca de condensación y si la hubiera, límpiela con una toallita sin pelusa. Procure que la almohadilla térmica (color negro) esté enganchada en la parte posterior.
Load the flow cells to be run into the docking ports of the PromethION.
Insert the chip connector fully into the docking port. Take note to ensure the latch to hold the chip in place clicks in.
IMPORTANTE
Correct insertion of PromethION flow cells into a PromethION 24/48 device
Line up the flow cell with the connector (horizontally and vertically) and smoothly insert it into position.
Press the flow cell down firmly into the loader, and ensure that the latch engages.
Insertion of the flow cell at the wrong angle can damage the pins on the PromethION and affect your sequencing results. If you find the pins on a PromethION position damaged, please contact support@nanoporetech.com for assistance.
Once the flow cells are correctly loaded into the PromethION, the flow cells undergo an automatic hardware check:
- Green tick: flow cell has passed
- Red tick: flow cell needs to be re-inserted
Ir a la página de inicio y hacer clic en Verificar celda de flujo
When you see the flow cell type and flow cell IDs recognised, click Start to begin.
Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.
Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.
Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo).
Indicadores de estado de las celdas de flujo
La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:
Signo de exclamación amarillo (celdas de flujo Flongle - a la izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.
Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - en el centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.
Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - a la derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.
Nota: El indicador de calidad permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.
9. Secuenciación y seguimiento del experimento
Las instrucciones sobre cómo configurar un experimento de secuenciación y supervisar el progreso del mismo se encuentran en el protocolo de MinKNOW, en la comunidad Nanopore.
Antes de realizar un experimento de secuenciación, es necesario purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Encontrará más información sobre la preparación de muestras, en la sección Prepare —en la pestaña Documentación— de la comunidad Nanopore.
Siga este enlace para acceder al protocolo de MinKNOW.
10. Data management
A partir de la versión 21.02 de MinKNOW en adelante, hemos añadido nuevas funciones que facilitan una transferencia de datos más fluida durante los experimentos de secuenciación. Las siguientes instrucciones son un método de ejemplo para montar un sistema de archivos de red NFS externo y transferir datos. Consulte con su departamento de Informática antes de introducir ningún código y asegúrese de que es compatible con la infraestructura local y dispone de los permisos adecuados.
Mount your local NFS file system on the device (note that Linux mounts a remote filesystem into a directory locally). Below is an example setup through the terminal:
prom@PCT0001:~$ sudo su - prom@PCT0001:~$ apt install autofs prom@PCT0001:~$ echo -en “+auto.master\n/nfs /etc/auto.ont\n” > /etc/auto.master prom@PCT0001:~$ echo -en "NETWORKSTORAGE -nfsvers=3,rw,bg,async,actimeo=300,soft,intr,noatime,tcp,nolock IPADDRESS:/PATH/TO/SHARE" > /etc/auto.ont prom@PCT0001:~$ ln -s /nfs/NETWORKSTORAGE /media/NETWORKSTORAGE prom@PCT0001:~$ ls -al /media/NETWORKSTORAGE/*
Install the latest version of the MinKNOW software:
prom@PCT0001:~$ sudo apt update prom@PCT0001:~$ sudo apt install ont-promethion-release
Make a source directory that your experiments will be saved to in /data/ , for example:
prom@PCT0001:~$ mkdir /data/data-offload
Make a destination directory on your networked storage. This also tests that the ‘prom’ user can write to the networked storage:
prom@PCT0001:~$ mkdir /media/mounted_drive/destination_directory/
As root, edit /etc/systemd/ont-platform-data-offload.conf to set the SOURCE_DIR and DESTINATION_DIR variables. SOURCE_DIR is the directory the PromethION software writes to, and DESTINATION_DIR is on your networked storage.
prom@PCT0001:~$ sudo vi /etc/systemd/ont-platform-data-offload.conf
Se creará un registro de las acciones realizadas por el script en /data/data-offload.log
Establecer la ubicación de salida en SOURCE_DIR, configurada anteriormente, y empezar la secuenciación en el MinKNOW UI.
Recomendamos gestionar el servicio manualmente, ya que la actividad de descarga de datos podría afectar los experimentos activos.
Empezar el servicio de descarga como raíz:
sudo systemctl start ont-platform-data-offload
Detener el servicio de descarga como raíz:
sudo systemctl stop ont-platform-data-offload
Si se desea comprobar que el sistema esté activo, ejecutar el siguiente comando:
sudo systemctl status ont-platform-data-offload
IMPORTANTE
La velocidad de transferencia de datos depende de la infraestructura de red local. Oxford Nanopore recomienda que se use una conexión de 10 Gb/s (PromethION), ya que así se aumenta al máximo la velocidad de transferencia.
IMPORTANTE
Al principio, los datos deben escribirse directamente en las unidades SSD internas. Actualmente, no es posible escribir en una unidad de red.
11. Shutting down
Shutting down your PromethION 24/48
The PromethION Data Acquisition Unit requires a stepwise, processed shut down, otherwise you may face problems e.g. when recognising flow cells.
Follow the instructions in this section to ensure you do not face errors with your PromethION from incorrectly shutting down your device.
Remove all flow cells from the device.
Navigate to Device Settings in the admin interface.
Select Shutdown.
Click Shut Down in the pop-up to confirm.
CONSEJO
Do not click on Reboot, as this will lead to errors in recognising the flow cells when starting an experiment.
Switch off the Sequencing Unit using the switch on the back of the device.
Turn off the device at the mains supply, if you are using mains power.
12. Actualizar el programa a través de la interfaz de usuario
IMPORTANTE
Actualizar el programa
Oxford Nanopore Technologies publicará una nota de lanzamiento en la comunidad Nanopore cuando salgan nuevos programas o actualizaciones.
Se recomienda actualizar el programa, en cuanto haya una nueva versión disponible.
Nótese que los dispositivos no se pueden actualizar desde una conexión remota o mientras haya una ejecución en curso.
Al abrir MinKNOW desde el icono del escritorio, el actualizador comprobará automáticamente si hay actualizaciones disponibles.
Cuando haya una nueva actualización disponible, se abrirá un cuadro de diálogo.
Seleccionar Actualizar.
Las actualizaciones pueden omitirse. No obstante, es recomendable actualizar el dispositivo en cuanto haya actualizaciones disponibles. Algunas actualizaciones serán obligatorias y no podrán omitirse.
Nota: En el caso del MinION Mk1B, al hacer clic en Actualizar se abrirá la página de descargas del programa donde el usuario podrá descargar la actualización de MinION que corresponda.
También es posible actualizar el dispositivo desde la página Software/Programas informáticos de la Configuración del servidor.
Ir a la Configuración del servidor, seleccionar “Programas informáticos” y hacer clic en “Actualizar”.
El botón de actualización solo aparecerá cuando haya una nueva versión disponible.
Nota: En el caso de los dispositivos MinION Mk1B, al hacer clic en “Actualizar” se abrirá la página Software Downloads para que los usuarios seleccionen y descarguen la actualización pertinente.
En la ventana del instalador, hacer clic en Instalar actualización.
En este cuadro de diálogo, hay un registro de cambios disponible.
Esperar a que el programa se actualice; esta operación puede tardar varios minutos.
La ventana del instalador le avisará cuando la actualización haya finallizado.
Cuando la actualización haya finalizado, realizar un ciclo de encendido completo.
IMPORTANTE
Reinstalar MinKNOW
En algunos casos (por ejemplo, si hay un problema con la versión de MinKNOW que se está utilizando), será necesario volver a instalar el programa. Para ello, primero hay que desinstalar por completo la versión actual. Para realizar esta operación, siga las instrucciones del artículo de la sección Support: Cómo desinstalar MinKNOW en el Mk1B y el P2 Solo
13. (Advanced) Updating the software via the Terminal
Obtain the latest updates
After successfully checking the hardware, you should update to the latest software release. To do this, enter the following commands into the terminal:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-promethion-release
The default sudo password is __prom__; change this to ensure the security of your device. Once these commands have completed successfully with no errors, turn off the device using the following command. ``` sudo poweroff ```
Then turn the device on again to complete a full power cycle.
Actualizar el dispositivo en el futuro
Oxford Nanopore Technologies publicará una nota de lanzamiento en la comunidad Nanopore cuando salgan nuevos programas o actualizaciones del dispositivo.
Recomendamos a los usuarios que, cuando haya una nueva versión disponible, actualicen el programa lo antes posible.
Así mismo, es importante mantener el dispositivo al día con las actualizaciones de seguridad de Linux, de acuerdo con los consejos del departamento de Informática al que esté sujeto.
Nota: para habilitar las actualizaciones a través del cortafuegos, es necesario tener acceso a Internet solo de salida por el puerto 443.
14. Downloading the ISO image and burning it to a USB drive
Descripción general
Las siguientes instrucciones le ayudarán a crear una unidad USB de arranque que sirva para reconstruir el sistema operativo en su dispositivo.
Estas instrucciones son para los usuarios que no recibieron una unidad USB con imagen ISO. Si ha recibido una unidad USB, pase al siguiente punto: Cómo iniciar el dispositivo desde una memoria USB.
IMPORTANTE
Recomendamos transferir los propios datos a una copia de seguridad, incluso si se escoge una opción que conserve los datos. Esto se debe a que los archivos ISO pueden corromperse a mitad del proceso (por ejemplo, debido a una desconexión del USB, un corte de electricidad, etc.).
Descargar el archivo ISO en el siguiente enlace:
Grabar el archivo ISO en una unidad USB
El programa adecuado para grabar la imagen ISO es: Rufus en Windows
Nota: la herramienta de grabación ISO alternativa balenaEtcher no funciona con nuestra imagen ISO. Necesitará acceso a un ordenador Windows y tal vez derechos de administrador para instalar el programa Rufus.
Al grabar el archivo ISO, utilizar los siguientes ajustes (se debe usar un arranque EFI/GPT):
- Esquema de partición: GPT
- Sistema de destino: UEFI
La unidad USB debe tener las siguientes características:
- Tener 32 GB o más
- USB 3.0 recomendado
- Utilizar la opción de arranque UEFI
Nota: Recomendamos grabar una imagen de disco en dos unidades USB de un proveedor distinto, como copia de seguridad. Las unidades USB habituales pueden fallar en la reinstalación de los dispositivos sin un motivo aparente.
15. Preparing the PromethION for UEFI boot
The PromethION must be configured for UEFI Hard disk boot before you begin the rebuild process.
Power down the Data Acquisition Unit if it is switched on.
Insert the bootable USB into the USB port with the blue interior on the back of the device.
Note: If using an A-series/A100 Data Acquisition Unit, you may need to remove one of the USB firmware update cables connected to the sequencer.
Power on the Data Acquisition Unit, then when the below screen appears, press Delete to enter setup.
On A100/A-series Data Acquisition Units, ensure you are using the VGA output.
Once in setup, press the Right cursor key until Boot is highlighted.
Within Boot, configure the following settings:
- Boot mode select: UEFI
- Boot Option #1: UEFI Hard Disk
- Boot option #2: UEFI USB Hard Disk
Use the cursor keys to navigate to Save & Exit, then select Save Changes and Reset.
16. How to boot from USB
Power off the Data Acquisition Unit.
Power on the Data Acquisition Unit.
When the below screen appears, press F11 to enter the Boot Menu.
Choose the UEFI USB boot option using the cursor keys.
In the below example the USB drive is called SanDisk. If the system has not been prepared to boot from UEFI, this will not work. See the section Preparing the PromethION for UEFI boot for how to configure this.
Press Enter once the UEFI option is chosen, then highlight Customer Factory Reset, and press Enter. This option will detect your installation and try to keep network configurations, hostname and /data partition. We recommend backing up data prior to proceeding with this step wherever possible.
Make sure to connect your device to the network if configured to run online.
| Option | What it does | When to use option |
|---|---|---|
| Customer Factory Reset | - Keeps network configuration - Keeps hostname (i.e. PCA1XXX) - Keeps data - Does not clear the metadata or format all the disks | - To reset the device to a MinKNOW version reflected on the image name (e.g. 22.10 ISO = MinKNOW 22.10) - To reset the device to a known state whilst attempting to keep existing data |
| Reset Install and keep /data | - Keeps network configuration - Keeps hostname (i.e. PCA1XXX) - Keeps data - Does not clear the metadata or format all the disks | Functionally identical to the Customer Factory Reset option |
| Format Disks and lose /data | - Does not keep network configuration - Does not keep hostname (i.e. PCA1XXX) - Does not keep data - Clears the metadata and formats all the disks | - Issue with data storage or a new unformatted drive (e.g. faulty drive or drive replaced) - If the keep /data option does not resolve the issue |
| SECURE WIPE - can take hours | - Does not keep network configuration - Does not keep hostname (i.e. PCA1XXX) - Does not keep data | Use only if requested by a member of Technical Services - this option completely wipes the disks by writing all data to 0 |
You will see the screen below. Select Standard Installation. A confirmation prompt will appear; click Okay.
Note: The blue desktop may fill the entire screen. You can press Esc to view the menu in the default browser.
The following screen will appear and the progress will be shown on the progress bar. The entire process may take ~1 hour to complete.
Note: It is normal for the system to restart multiple times. Do not turn off the Data Acquisition Unit while installation is in progress. It is also expected behaviour for the progress bars to stay temporarily stuck at specific stages.
Once the rebuild process has completed, the standard login screen will be displayed. After logging in, you will see the MinKNOW icon on the desktop. If the MinKNOW icon is not present, carry out one final power cycle of the Data Acquisition Unit.
Any previous changes to the device password will have defaulted back to prom. If you need to update the default password, follow the instructions here
Once the MinKNOW icon is displayed on the desktop, power down the Data Acquisition Unit. To use the PromethION for sequencing, now power on the Sequencing Unit followed by the Data Acquisition Unit and check all flow cell positions are detected.
17. Completing the restore
Ir al Explorador de archivos, seleccionar el icono de expulsión junto al dispositivo USB y expulsar la USB de arranque.
La primera vez que se encienda, el dispositivo puede tardar varios minutos en reconocer el teclado y el ratón.
Pulsar Ctrl+Alt+T para abrir el terminal
If your hostname has not been maintained through the restore process (it should be visible on the command line), type:
ont-promethion-serial set NAME_OF_DEVICE
where NAME_OF_DEVICE is the serial ID as included on the label on the side of your Data Acquisition Unit. For example:
ont-promethion-serial set PC24A0012
Pulsar Aceptar.
Escribir "bash"; a continuación pulsar Aceptar.
Configurar la red.
Hemos redactado un script para ayudarle a configurar la red. Abrir una ventana del terminal e introducir:
ont-network-settings
Las opciones de este script son:
--dhcp (opcional) - Utilizar DCHP elimina la necesidad de todas las demás características excepto la interfaz, el enlace y la sobrescritura --address ip_address (obligatorio) - Dirección IP del dispositivo --subnet subnet_mask (obligatorio) - Máscara de subred --gateway gateway_address (obligatorio) - puerta de enlace predeterminada --dns DNS_server1,DNS_server2 (obligatorio) - Servidores DNS --search your_domain (obligatorio) - el sufijo de su dominio (por ejemplo, tuempresa.local) --overwrite (opcional) --help - Datos de las opciones anteriores
Para actualizar la configuración, ejecutar el comando adecuado de entre las opciones anteriores con la bandera --overwrite y reiniciar el dispositivo.
Open MinKNOW and check for software updates, or check for updates in the terminal:
sudo apt update
sudo apt install ont-promethion-release
ont-system-test (not available on some ISO images)
ont-validate-install
You should see the following message if the installation was successful:
This should be complete, please retry any apt commands that failed to work previously
eg: sudo apt install
All Packages installed and nvidia is happy, so resetting ont-restore-apt
If the installation was unsuccessful, run the following commands:
sudo apt update
sudo apt dist-upgrade
sudo ont-validate-install
sudo reboot
If the issue has not been resolved after a reboot, contact Technical Support at support@nanoporetech.com.
18. If problems are encountered
Boot to the "Platform Rescue and Recovery" screen.
Click the "Format disks and lose /data" option.
Once returned to the following screen, click the top "Customer Factory Reset im" option.
Note: this step may happen automatically and proceed immediately to step 4 without user input.
If the system takes more than 20 minutes between Step 2 and returning to the following screen, click "Standard Installation".
Allow the factory reset to continue.
Note: It is normal behaviour for the system to restart multiple times. Do not turn off the PromethION Data Acquisition Unit/GridION while the reset is in progress.
It is also expected behaviour for the progress bars to stay temporarily stuck at specific stages.
Once the reset is complete, you will be prompted to login.
19. Resolución de problemas
Si surge algún problema relacionado con el dispositivo o la secuenciación, póngase en contacto con el Servicio técnico.
La sección de preguntas frecuentes sobre MinKNOW, FAQ, se encuentra aquí.
En la mayoría de casos, para identificar o resolver un problema recomendamos exportar los registros y enviarlos al Servicio técnico.
Help feature and support link from MinKNOW.
The Nanopore support hub can also be accessed directly from your MinKNOW UI.
In the top right of MinKNOW you will see the "Help" option:
Clicking this option will bring you to a page with a link and a QR code:
On larger devices such as the GridION and PromethION 24/48, and devices such as the MinION Mk1b and P2 Solo, clicking the link will directly bring you to the Nanopore support page.
On devices such as the P2 Integrated and MinION Mk1C, you will be able to scan the QR code with another device, or type in the shortened URL on another device to quickly reach the support hub.
Cómo exportar registros:
En los modelos PromethION 24/48, PromethION 2i, GridION y/o PromethION 2 Solo, conectados a un GridION:
- En la sección Exportar registros, pulsar Exportar.
Cuando se hayan exportado los registros, debajo del botón aparecerá indicado dónde se encuentran. Los registros se descargarán como archivos TGZ en el directorio de registros.
Es posible cambiar la ubicación de los registros utilizando el administrador de archivos, donde pueden recuperarse fácilmente sin necesidad de SSH:
- Hacer clic en el archivo situado junto a Registros, exportado al panel Exportar registros. Esta acción abrirá la ubicación de los registros en el Gestor de archivos de MinKNOW.
- Utilizar el panel de control en la esquina inferior derecha del Gestor de archivos para mover los archivos de registro.
Si el PromethION " 2 Solo está conectado a un ordenador
Los archivos de registro de cada experimento de secuenciación se pueden encontrar en:
Windows C:\data\logs
Mac OS X /private/var/log/MinKNOW
Linux /var/log/minKNOW
Eliminar los registros y datos temporales:
En la pestaña "Ayuda", pulsar Eliminar en la sección 'Eliminar archivos' y confirmar en la ventana emergente.
Nota: los datos de ejecución no se eliminarán. Se eliminarán los registros y datos temporales.
Solucionar los problemas del dispositivo:
Hacer clic en Ejecutar reparación en la sección Resolución de problemas de la página 'Ayuda' y confirmar en la ventana emergente. MinKNOW intentará reparar los siguientes problemas:
- Comprobar que los directorios requeridos en "/data" tengan la propiedad y los permisos necesarios.
- Comprobar que los archivos necesarios en "/data" tengan la propiedad y los permisos necesarios.
- Comprobar que la GPU funcione al máximo rendimiento.
- Comprobar que el Bluetooth esté desactivado.
