El MinION Mk1C combina la secuenciación en tiempo real, rápida y portátil de un MinION Mk1B con una unidad de procesamiento gráfico (GPU) y una pantalla de alta resolución. El dispositivo aplica la tecnología del MinION Mk1B con la potencia de identificación de bases del MinIT y las prestaciones adicionales de un smartphone, como el módem portátil y la pantalla táctil.

* Rango funcional del sistema: de 5 °C a 40 °C

Requisitos informáticos MinION Mk1C (inglés)

Características técnicas MinION Mk1C (inglés)

Información sobre seguridad y normativa (inglés)

La sección de preguntas frecuentes sobre dispositivos, FAQ, se encuentra aquí.

El MinION Mk1C se envía con:

• Celda de prueba de configuración (CTC)
• Adaptador
• Enchufes compatibles con las tomas de corriente de Reino Unido, EE. UU., UE y Australia
• Guía de inicio rápido

Pantalla táctil La pantalla táctil permite al usuario interactuar con el programa del MinION Mk1C directamente en el dispositivo. Luces LED Hay cinco luces LED a la derecha de la pantalla. Cuando se enciende el dispositivo, las cinco luces se iluminan de blanco y después se encienden de forma cíclica a medida que se carga el programa. La iluminación por ciclos indica que el dispositivo está funcionando. Cuando se inserta una memoria USB en el MinION Mk1C, las luces LED se iluminan y parpadean tres veces antes de que se reanude el patrón cíclico habitual. Tapa La tapa se abre hacia atrás para permitir el acceso a la carcasa de la celda de flujo. Clip El clip sujeta la celda de flujo o la celda de prueba de configuración de forma segura. Celda de prueba de configuración (CTC) La celda de prueba de configuración se utiliza durante la comprobación del equipo, para garantizar que la comunicación entre el dispositivo y la celda de flujo funcione correctamente.

A continuación se detallan los requisitos de potencia del MinION Mk1C al utilizar el adaptador de CA/CC suministrado con el dispositivo.

Oxford Nanopore Technologies no suministra fuentes de alimentación portátiles para este propósito y, como tal, no están oficialmente avaladas. Si desea utilizar una, debe ser compatible con las siguientes características técnicas.

Requisitos del cargador portátil de CC

Cuando se encienda el MinION Mk1C por primera vez, aparecerá la pantalla de configuración que guía a los usuarios para que se conecten a una red, inicien sesión en MinKNOW, habiliten el acceso remoto y examinen el equipo.

Hay varias opciones para conectarse al MinION Mk1C:

Opciones generales

-Si desea utilizar el programa de secuenciación (MinKNOW) directamente en el dispositivo MinION Mk1C: iniciar sesión en MinKNOW desde la interfaz gráfica y seleccionar el dispositivo MinION Mk1C en el Gestor de conexiones.

• Si desea conectarse al MinION Mk1C en remoto, desde un ordenador: Descargar MinKNOW, seleccionar el acceso directo al icono de MinKNOW e iniciar sesión. Para conectarse en remoto, seleccionar el dispositivo MinION Mk1C en el Gestor de conexiones.

Usuarios avanzados

• Acceso a Secure Shell - consultar la sección (Avanzado) Conexión a través de la línea de comandos del manual del usuario.

El MinION Mk1C secuencia e identifica las bases a través del dispositivo de secuenciación integrado e identificador de bases de Oxford Nanopore Technologies - Dorado - en MinKNOW. Los archivos FASTQ y .fast5 se generan y almacenan localmente en la carpeta Datos del MinION Mk1C.

Es posible acceder a esta carpeta y a los archivos de salida a través del Administrador de archivos de MinKNOW. Para obtener más información, consulte la sección Gestión de datos de este documento.

• Para actualizar el nombre del servidor en el dispositivo, ejecutar el siguiente comando y reemplazar la parte <new_hostname> por el nombre de servidor deseado (omitiendo los corchetes angulares <>):

sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>

• Apagar el dispositivo con el siguiente comando y, acto seguido, pulsar el botón de encendido:

sudo shutdown -h now

Ambas opciones son compatibles, sin embargo, si Ethernet está disponible, recomendamos elegir esta opción, ya que es probable que la conexión sea más rápida y estable.

Conexión mediante Ethernet: 1. Conectar el cable Ethernet al dispositivo 2. Para confirmar la conexión, ir a la configuración del servidor y luego a la configuración de red. La información de la configuración IP aparecerá cuando esté conectado.

Ir a la configuración de red y activar Wi-Fi. A continuación, seleccionar una red en el panel de Redes disponibles.

Al seleccionar Avanzado se abrirá la Configuración avanzada de Wi-Fi. Aquí aparecerán, todas las redes disponibles.

La dirección IP estática se puede configurar a través de MinKNOW UI tanto para WiFi como para Ethernet. A continuación, se muestra un ejemplo correspondiente a Ethernet.

1. Al hacer clic en Editar en la "Configuración IP", se abrirá el cuadro de diálogo "Editar la configuración de la dirección IP".
2. Seleccionar una de las pestañas, DHCP o Static, y hacer clic en Confirmar
3. Una vez se haya cambiado la configuración de la dirección IP, hacer clic en Finalizar.

Esta función sirve para conectarse al MinION Mk1C en lugares donde no hay infraestructura de red, por ejemplo, en el campo. Para habilitar el punto de acceso a internet, seleccionar la opción ENCENDIDO. Cuando esté activo, se mostrará el nombre del punto de acceso a internet del dispositivo.

En caso de redes congestionadas, cuando puede haber competencia por los canales, la configuración del punto de acceso a internet permite editar y seleccionar un canal.

1. Ir a la configuración de red
2. Habilitar el punto de acceso a internet, moviendo el interruptor a la posición de ENCENDIDO
3. Hacer clic en 'Configurar punto de acceso a internet'
4. Seleccionar el canal usando el menú desplegable
5. Introducir la nueva contraseña
6. Pulsar en 'Confirmar'

El punto de acceso a internet debe confirmarse como se especifica en la configuración del mismo.

1. Localizar el identificador del MinION Mk1C en la etiqueta situada en la parte inferior del dispositivo:

2. Hacer clic en el identificador del MinION Mk1C, en el __panel de Conexiones Wi-Fi__ del __Panel de control__, o en las opciones situadas a la derecha de la __Barra de tareas__.
   

Iniciar sesión con la siguiente contraseña: WarmButterflyWings98

3. Acceder al MinION Mk1C a través del Explorador de archivos: Ir a \\mc-XXXXXX (XXXXXX es el identificador del MinION Mk1C) en la barra de direcciones. Al conectarse al MinION Mk1C a través del Explorador de archivos, se pedirán los datos de acceso a la red.

1. Localizar el identificador del MinION Mk1C en la etiqueta situada en la parte inferior del dispositivo:

2. Pulsar en el icono de Wi-Fi a la derecha de la barra de menú, situado en la parte superior de la pantalla:

Seleccionar el identificador de MC-XXXXXX en el Nombre de red, situado en el Panel de red (la última opción bajo el icono de Wi-Fi), que se muestra en la ventana de abajo (a la izquierda)‡. Al hacerlo, aparecerá la ventana emergente de inicio de sesión Wi-Fi. Utilizar la contraseña que se muestra a continuación.

Conectarse con la siguiente contraseña: WarmButterflyWings98

3. Acceder al MinION Mk1C a través del navegador de red: Utilizar el buscador para localizar la red. Hacer clic en Servidor, en la pestaña situada en la parte inferior izquierda de la barra de Búsqueda.

Se mostrará MC-XXXXXX (XXXXXX corresponde al identificador del MinION Mk1C) como opción del servidor. Al hacer clic en el icono MC-XXXXXX hacer clic en Conectarse como, situado debajo de la barra de búsqueda e introducir los datos de acceso.

‡ La conexión al dispositivo por SSH se puede abordar de tres maneras diferentes:

1. Con DNS
2. Con mDNS
3. Mediante el uso directo de la dirección IP

En la mayoría de las organizaciones, se utilizan servidores centrales DNS. Si su dispositivo utiliza una configuración IP "estática", el departamento de Informática de su institución tendrá que crearle manualmente una entrada DNS. Si el dispositivo utiliza una configuración IP dinámica (DHCP), a menudo, la entrada DNS se creará automáticamente. Para acceder mediante SSH a su dispositivo utilizando DNS, establezca el nombre de servidor en su cliente con el nombre de servidor del dispositivo, por ejemplo, MC-112345.

Si su organización o rúter de banda ancha no proporcionan DNS, pruebe con mDNS. Cuando el dispositivo esté conectado a una red, anunciará su presencia a los demás dispositivos cercanos, como su portátil o PC. Si su portátil o PC están configurados para reconocer estos anuncios, podrá acceder a su dispositivo mediante SSH utilizando mDNS. Configurar el nombre del servidor en el cliente, escribiendo el nombre del servidor del dispositivo seguido de ".local", por ejemplo, MC-112345.local.

Si los métodos anteriores no dan resultado, use directamente la dirección IP de los dispositivos. La interfaz de usuario de MinKNOW muestra las direcciones IP para cada interfaz en la página Configuración - Red. Si su dispositivo tiene interfaces LAN y Wi-Fi, cada una tendrá una dirección IP diferente. Para acceder a su dispositivo mediante SSH, con la dirección IP del mismo, establecer el nombre de servidor en el cliente utilizando la dirección IP, por ejemplo, 10.20.30.41.

1. Localizar el identificador del MinION Mk1C en la etiqueta situada en la parte inferior del dispositivo:

2. Hacer clic en el icono de Wi-Fi a la derecha de la barra de menú, en la parte superior de la pantalla:

Localizar y hacer clic en el identificador MC-XXXXXX, situado bajo el icono de las opciones de red Wi-Fi (mostrado arriba). Introducir la contraseña para la Wi-Fi (que se muestra a continuación) en la ventana emergente Autenticación de red Wi-Fi:

Iniciar sesión con la contraseña: WarmButterflyWings98

Cuando se haya conectado al rúter inalámbrico del MinION Mk1C, aparecerá la siguiente ventana.

3. Acceder al MinION Mk1C usando el Explorador de archivos Linux e introducir la dirección del servidor.

Abrir el Explorador de archivos (puede encontrarse usando la herramienta de Búsqueda). Seleccionar Conectar al servidor en la parte inferior de la lista, situada en el panel izquierdo. A continuación, introducir:

smb://mc-110013

El MinION Mk1C contiene 1 TB de almacenamiento SSD, que proporciona una capacidad media de aproximadamente 50 Gbases, almacenadas en formato .POD5, .fast5 y/o FASTQ. Cuando la unidad SSD se llene, será necesario transladar los datos de secuenciación a una ubicación de almacenamiento en la nube. Las unidades de red para guardar datos se pueden montar bien desde Device Settings (Configuración del dispositivo) o desde File Manager (Administrador de archivos) en la pestaña Network (Red):

• Configuración del dispositivo:

• Gestor de archivos:

El MinION Mk1C tiene dos interfaces compatibles para realizar la transferencia de datos. Estas son:

• Puerto Ethernet - directa a la interfaz o a la red de área local (LAN)
• Wi-Fi - directa a la interfaz

Conexión a la red con el MinION Mk1C. Las líneas azules indican una conexión a Internet. La línea negra indica una conexión por cable. El ordenador de la red local LAN (B.), se puede utilizar para configurar el dispositivo, utilizando parámetros que no están disponibles en la interfaz de administración. El MinION Mk1C también se puede configurar utilizando un dispositivo conectado a la red Wi-Fi (A); sin embargo, la actualización se puede ver inhibida por problemas de compatibilidad de red.

Conexión a Internet:

Esta configuración requiere que el MinION Mk1C esté conectado mediante ethernet a la red de área local (LAN). La red local LAN está conectada a Internet, lo que permite actualizar MinKNOW en el dispositivo.

Conexión a la interfaz:

Una interfaz, como una computadora portátil, un dispositivo móvil u ordenador, se puede conectar de forma inalámbrica al MinION Mk1C. Por otra parte, a través de una computadora conectada a la red local LAN, se puede acceder al MinION Mk1C y gestionarlo.

Hay otras configuraciones que también son viables, aunque no están avaladas por Oxford Nanopore Technologies:

• Ethernet-ordenador de mesa o portátil para gestionar el MinION Mk1C - sin Internet
• (Cliente) inhalámbrico Minion Mk1C conectado a un rúter y un ordenador de mesa o portátil conectado a un rúter inhalámbrico, que a su vez está conectado a Internet
• Es posible adaptar otras conexiones de datos a través del puerto USB 2.0; sin embargo, Oxford Nanopore Technologies no aconseja o respalda este uso.

La conexión por la línea de comandos a través de SSH o el terminal ofrece varias opciones:

• Acceso y transferencia de datos a un disco duro USB montado - para obtener instrucciones, consultar la sección Transferencia de datos a través de SFTP, de este manual de usuario.
• Cambio de directorio de salida desde /data
• Cambio entre la dirección IP estática y DHCP (dinámica) de los puertos en el MinION Mk1C
• Acceso a los registros

Si SSH está habilitado en su versión de Windows, usar el símbolo de sistema (CMD) incorporado. Abrir un símbolo de CMD, luego introducir ssh minit@nombredeservidor (por ejemplo, ssh minit@mc-111414):

Si es la primera vez que se conecta, se le pedirá que confirme la autenticidad del servidor. Escriba "yes" y pulse aceptar:

Introduzca la contraseña. La contraseña predeterminada es minit. Nótese, los caracteres no aparecerán en la pantalla a medida que vaya escribiendo.

Si la conexión SSH se establece correctamente, el intérprete de comandos leerá: minit@hostname:~$

Utilizar un cliente SSH externo como Bitvise (imágenes de ejemplo a continuación) o Putty. Introducir las siguientes opciones predeterminadas:

Servidor – ID del dispositivo o dirección IP (por ejemplo, MC-111414) Puerto – 22 Nombre de usuario – minit Método inicial – contraseña Contraseña – minit

Si se establece la conexión correctamente, Bitvise abrirá automáticamente una ventana del terminal y un navegador SFTP. También es posible hacer clic en New Terminal Console o en New SFTP window en el lado izquierdo:

Abrir el Terminal e introducir ssh minit@hostname (por ejemplo, ssh minit@mc-111414):

Si es la primera vez que se conecta, se le pedirá que confirme la autenticidad del servidor. Escriba "yes" y pulse aceptar:

Introducir la contraseña. La contraseña predeterminada es minit. Nótese, los caracteres no aparecerán en la pantalla a medida que vaya escribiendo.

Si la conexión SSH se establece correctamente, el intérprete de comandos leerá: minit@hostname:~$

La interfaz LAN del MinION Mk1C puede funcionar en modo DHCP (dinámico) o en modo estático. Cuando esté en modo DHCP, la configuración se obtendrá del servidor DHCP de la red. Algunas redes no tienen un servidor DHCP o a lo mejor se desea anular la configuración que proporcionan. En tales circunstancias, es posible utilizar el modo estático.

El modo estático viene preconfigurado con los siguientes ajustes:

Dirección IP / máscara de subred: 192.168.0.1/24 
Puerta de enlace predeterminada: 192.168.0.1
Servidores DNS: 9.9.9.9, 8.8.8.8

Durante la verificación, se mostrará una barra de estado debajo de la celda de flujo.

Recomendamos examinar la celda de flujo y verificar el número de poros disponible, antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN en ella.

Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo con un número de poros activos inferior al indicado por la garantía —en un plazo de 12 semanas desde la compra— siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la verificación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento.

Durante la verificación, se mostrará una barra de estado debajo de la celda de flujo.

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle - izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

2. Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

3. Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.

Nota: El indicador de estado permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.

Antes de realizar un experimento de secuenciación, es necesario purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Encontrará más información sobre la preparación de muestras, en la sección Prepare —en la pestaña Documentación— de la comunidad Nanopore.

Siga este enlace para acceder al protocolo de MinKNOW.

Los datos se administran y transfieren desde la pestaña Gestor de archivos de la Configuración del servidor.

Los datos almacenados se encuentran en las pestañas situadas en la parte superior:

• Interno: datos almacenados en el dispositivo de secuenciación conectado (MinION Mk1C, GridION, PromethION).
• Extraíble: datos almacenados en un dispositivo de almacenamiento extraíble conectado, por ejemplo, una unidad USB.
• Red: datos almacenados en una unidad de red conectada. La unidad de red debe montarse antes.

Hacer clic en el icono —Crear un nuevo directorio— situado en la esquina inferior derecha y asignarle un nombre. A continuación, pulsar Crear.

Ir a la Configuración del dispositivo para ver el espacio disponible en el disco.

Utilizar la opción Expulsar para desconectar cualquier periférico, incluido el USB.

También es posible conectar una unidad de red al dispositivo seleccionando Montar una unidad de red e introduciendo los datos de acceso necesarios para conectarse mediante un servidor Samba (SMB) o un Sistema de archivos de red (NFS).

Formatos de disco compatibles: En MinION Mk1C, SD y USB son compatibles con DOS FAT, Windows 95 FAT, exFAT y Linux ext(2|3|4).

Para obtener más información, consultar la sección Montar unidad de red de este protocolo.

Para más información, consultar la sección (Avanzado) Conexión mediante la línea de comandos, de este manual del usuario.

Hay programas como Filezilla que permiten transferir datos a discos duros montados en Linux, Windows y macOS. Filezilla también transfiere datos utilizando el protocolo SFTP, disponible siempre que se establece una conexión SSH.

Filezilla es compatible con varios sistemas operativos y permite transferir datos desde el MinION Mk1C.

Definir las siguientes opciones:
Servidor - Identificador del dispositivo o dirección IP (por ejemplo, MC-111414)
Nombre de usuario - minit
Contraseña - minit
Puerto - 22

Si es la primera vez que se conecta, se le pedirá que confirme la autenticidad del servidor. Seleccionar la casilla Always trust this host, add this key to the cache (Confiar en este servidor; añadir esta clave a la caché) y pulsar ACEPTAR:

Si la conexión SFTP se establece correctamente, el directorio de archivos Mk1C se verá a la derecha de la interfaz de usuario. Nótese que Filezilla utiliza por defecto el directorio de inicio (/home/minit):

Ir hasta el directorio /data, al que es posible acceder introduciendo /data en el campo Remote site, y pulsar Aceptar.

MinKNOW es el programa que utilizan los dispositivos de secuenciación por nanoporos. El programa está descrito con más detalle en el documento MinKNOW Technical Document. El Protocolo de MinKNOW proporciona instrucciones sobre cómo usar el programa.

El programa de Oxford Nanopore Technologies pedirá acceso a los rangos IP de AWS enumerados a continuación:

http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html

También se necesitará acceso a las siguientes direcciones IP:

              178.79.175.200  
               96.126.99.215  

Para consultar las características específicas proporcionadas en cada versión, véanse las notas de lanzamiento correspondientes.

Si se cumplen los siguientes requisitos, actualizar el dispositivo antes de que llegue la tarjeta microSD.

Nota: no hay garantía de que este proceso funcione, ya que Oxford Nanopore no ha evaluado internamente todos los proveedores de tarjetas microSD.

Los datos de secuenciación almacenados en la carpeta /data se conservarán después de la actualización del sistema operativo. Sin embargo, es posible que sea necesario retocar la configuración del dispositivo después de la actualización.

Si utiliza una unidad de almacenamiento externo en el Mk1C, tras la actualización tendrá que volver a conectarlo. Siga las instrucciones de la sección Conectar la unidad de red, de este manual de usuario.

Si no es posible conectarse a Internet (puede que aparezca el error "Conexión desconocida 'estática'"), seguir las instrucciones de la sección Configuración de red (avanzada) - IP estática y dinámica, en este manual de usuario.