Flow Cell Check

Descripción general

For Research Use Only

Document version: PQE_1004_v1_revAJ_06Jan2016

1. Introduction to the flow cell check

Purpose of the flow cell check

A Flow Cell Check is used to assess the number of nanopores that are available in the flow cell. It should be run when you are ready to use the flow cell, and within 3 months of purchase (except for Flongle flow cells, which currently have a shelf life of four weeks).

Oxford Nanopore Technologies will replace any flow cell that falls below the warranty number of active pores, provided the result is reported within two days of performing the Flow Cell Check and the storage recommendations have been followed.

Flow cell Minimum number of active pores covered by warranty
Flongle Flow Cell (FLO-FLG001) 50
Flongle Flow Cell (FLO-FLGOP1) 30
MinION/GridION Flow Cell 800
PromethION Flow Cell 5000

Flow cell storage instructions

We recommend to store flow cells unopened, as follows:

Flow cell Storage instructions
Flongle Flow Cells 2–8°C for four weeks
MinION/GridION Flow Cells room temperature for one month, or at 2–8°C for 12 weeks
PromethION Flow Cells 2–8°C for 12 weeks

2. Flongle flow cell check

Consumibles
  • Flongle device - flow cell and adapter
Instrumental
  • Dispositivo MinION o GridION
  • Host computer connected to the Internet with MinKNOW and the Desktop Agent installed
IMPORTANTE

In this step, you will use the MinKNOW software to check the number of pores in your flow cell. This has to be done as soon as reasonably possible after receiving your Flongle flow cell. Flow cells can then be stored until required. If there is a delay between receiving and using the flow cells, another check should be performed before library preparation begins.

How it works

Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The MinKNOW™ software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment.

Place the Flongle adapter into the MinION or one of the five GridION positions.

The adapter should sit evenly and flat on the MinION Mk1B or GridION platform. This ensures the flow cell assembly is flat during the next stage.

IMPORTANTE

The adapter needs to be plugged into your device, and the device should be plugged in and powered on before inserting the Flongle flow cell.

Flow cell adapter insertion

Place the flow cell into the Flongle adapter, and press the flow cell down until you hear a click.

The flow cell should sit evenly and flat inside the adapter, to avoid any bubbles forming inside the fluidic compartments.

Flow cell insertion

Hacer doble clic en el icono de MinKNOW, ubicado en el escritorio.

Icon 1

Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW con los datos de acceso de la comunidad Nanopore.

Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.

En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.

Login

El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:

Okta 2 email address login page

Okta 3 password page external users

Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.

Click the sequencing device connected to the computer.

Screenshot 2023-03-22 172315

The Sequencing Overview should show the flow cell has not had any checks carried out.

Below is an example of a GridION device with a Flongle inserted into position X1 and MinION Flow Cells in positions X2 - X5.

Grid flow cell check seq overview

Ir a la página de inicio y pulsar en Verificar celda de flujo

Verificar la celda de flujo

Choose the flow cell type from the drop down menu and fill in the flow cell ID.

Below is an example of a GridION device with a Flongle inserted into position X1.

flongle flow cell check

IMPORTANTE

En el caso de las celdas de flujo Flongle, el identificador no se asigna automáticamente en MinKNOW. Es imprescindible introducir el identificador en el formato correcto: ABC123, es decir ([A-Z] x 3 [0-9] x 3).

El identificador distingue entre mayúsculas y minúsculas, sin espacios. El programa MinKNOW no permitirá continuar hasta que se haya introducido el identificador.
Si los datos introducidos no tienen el formato correcto o falta algo, aparecerá una notificación en la esquina inferior derecha de la interfaz.

A continuación, resaltado en azul, hay un ejemplo de identificador de celda de flujo Flongle:

Identificador celda de flujo Flongle

Select 'Start' to begin the flow cell check.

Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.

Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.

Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo). Comprobación del equipo en curso

The flow cell check should take a few minutes.

Flow cell health indicators

The quality of the flow cell will be shown as one of the three outcomes:

  1. Yellow exclamation mark (Flongle flow cell) The number of sequencing pores is below warranty.

  2. Green tick (MinION flow cell) The number of sequencing pores is above warranty.

  3. Question mark (PromethION flow cell) A Flow Cell Check has not been run on the flow cell during this MinKNOW session.

Flow cell check icon all devices

Note: The indicator of quality (question mark, exclamation mark or tick) will only remain visible during a MinKNOW session. Once the MinKNOW service has ended, the status of the flow cell will be erased.

3. MinION Mk1C flow cell check

Consumibles
  • Celda de flujo MinION/GridION
Instrumental
  • MinION Mk1C

In this step, you will use the MinKNOW software to check the number of pores in your flow cell. This has to be done prior to loading your DNA or RNA library onto the flow cell.

How it works

Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The MinKNOW™ software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment.

Set up the MinION Mk1C and flow cell.

Power on the MinION Mk1C, as described in the MinION Mk1C protocol under Power.

Once successfully plugged in, you will see a light and hear the fan.

Open the MinION Mk1C lid and insert the flow cell under the clip.

Press down firmly to ensure good thermal and electrical contact.

flow cell insertion

Note: The above image uses a CTC for illustrative purposes. Please insert a flow cell.

Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW con los datos de acceso de la comunidad Nanopore.

Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.

En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.

Login

El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:

Okta 2 email address login page

Okta 3 password page external users

Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.

Select the Mk1C in the connection manager to open the device.

Connection Manager 2

Ir a la página de inicio y seleccionar Flow cell check/Verificar celda de flujo.

Mk1C flow cell check

Cuando aparezca el tipo de celda de flujo y se reconozca el identificador, hacer clic en 'Iniciar'.

2

The user will be automatically navigated to the Sequencing Overview page.

Run state can be viewed here and a progress bar is displayed at the base of the flow cell. Mk1C flow cell checking

Number of pores available will be displayed here once check is completed. Mk1C flow cell checked

The flow cell check should take a few minutes.

Flow cell health indicators

The quality of the flow cell will be shown as one of the three outcomes on the Sequencing Overview page:

  1. Yellow exclamation mark: The number of sequencing pores is below warranty.

  2. Green tick: The number of sequencing pores is above warranty and ready for sequencing.

  3. Question mark: A flow cell check has not been run on the flow cell during this MinKNOW session.

flow cell check indicators

Note: the indicator of quality will only remain visible during the MinKNOW session when testing occurred. Once the sequencing device has been re-started, the status of the flow cell will be erased.

4. MinION Mk1B/GridION flow cell check

Consumibles
  • Celda de flujo MinION/GridION
Instrumental
  • MinION Mk1B/GridION
  • Host computer connected to the Internet with MinKNOW and the Desktop Agent installed

In this step, you will use the MinKNOW software to check the number of pores in your flow cell. This has to be done prior to loading your DNA or RNA library onto the flow cell.

How it works

Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The MinKNOW™ software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment.

Open the MinION Mk1B/GridION lid and insert the MinION Flow Cell.

Insert the flow cell in the MinION Mk1B/GridION by sliding the flow cell under the clip. Firmly press down on the flow cell to ensure good thermal and electrical contact.

image

Connect the assembled MinION Mk1B and flow cell to the host computer.

2812 19

Figure SSFC: Assembled MinION Mk1B and MinION SpotON Flow Cell connected to through the USB 3.0 port to the host computer

Once successfully plugged in, you will see a light and hear the fan.

Hacer doble clic en el icono de MinKNOW, ubicado en el escritorio.

Icon 1

Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW con los datos de acceso de la comunidad Nanopore.

Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.

En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.

Login

El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:

Okta 2 email address login page

Okta 3 password page external users

Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.

Click the sequencing device connected to the computer.

Screenshot 2023-03-22 172315

The Sequencing Overview should show the flow cell has not had any checks carried out.

Below is an example of a GridION device with a Flongle inserted into position X1 and MinION Flow Cells in positions X2 - X5.

Grid flow cell check seq overview

Ir a la página de inicio y pulsar en Verificar celda de flujo

Verificar la celda de flujo

When you see the flow cell type and flow cell IDs recognised, click 'Start' to begin.

Flow cell check start 1

Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.

Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.

Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo). Comprobación del equipo en curso

The flow cell check should take a few minutes.

Indicadores de estado de las celdas de flujo

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

  1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle - izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

  2. Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

  3. Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.

Icono de comprobación CF - Todos los dispositivos

Nota: El indicador de estado permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.

5. PromethION flow cell check

Consumibles
  • Celda de flujo PromethION
Instrumental
  • Dispositivo PromethION 24/48

How it works

Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The PromethION software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment. Active pores are reported in four groups, each of which may be used in turn when running long experiments e.g. a 64 hour sequencing run. Shorter experiments may not use all groups.

IMPORTANTE

Una vez sacadas de la nevera, esperar 20 minutos antes de insertar las celdas de flujo en el dispositivo y así darles tiempo a que estén a temperatura ambiente. En entornos húmedos se puede formar condensación. Inspeccione las clavijas doradas del conector, situadas en la parte superior e inferior de la celda de flujo, en busca de condensación y si la hubiera, límpiela con una toallita sin pelusa. Procure que la almohadilla térmica (color gris oscuro) esté enganchada en la parte posterior.

Cargar las celdas de flujo que se vayan a utilizar en las posiciones del PromethION.

Insertar por completo el conector del chip en el puerto. Compruebe que el cierre que lo sujeta encaje bien.

IMPORTANTE

Inserción de celdas de flujo PromethION en un dispositivo PromethION 24/48

Alinear la celda de flujo con el conector (horizontal y verticalmente) e insertarla suavemente en la posición.

Flow cells all2

Presionar la celda de flujo con firmeza y asegurarse de que el cierre encaje.

Flow cells side by side

Insertar la celda de flujo en el ángulo equivocado puede dañar las clavijas del PromethION y afectar los resultados de secuenciación. Si observa que las clavijas de las posiciones del dispositivo están dañadas, contacte con el servicio de asistencia en support@nanoporetech.com.

Screenshot 2021-04-08 at 12.08.37

Una vez las celdas de flujo estén cargadas correctamente, se someterán a una comprobación automática del equipo:

  • Icono de verificación verde: celda de flujo aprobada
  • Icono de verificación rojo: insertar la celda de nuevo Prom aprobado suspendido

Hacer doble clic en el icono de MinKNOW, ubicado en el escritorio.

Icon 1

Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW con los datos de acceso de la comunidad Nanopore.

Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.

En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.

Login

El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:

Okta 2 email address login page

Okta 3 password page external users

Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.

Click the sequencing device connected to the computer.

Screenshot 2023-03-22 172315

The Sequencing Overview page should show the flow cell has not had any checks carried out.

prom no flow cell checks

Ir a la página de inicio y pulsar en Verificar celda de flujo

Verificar la celda de flujo

Cuando aparezca el identificador de la celda de flujo, hacer clic en Iniciar.

prom flow cell check

Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.

Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.

Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo). Comprobación del equipo en curso

The flow cell check should take a few minutes.

Indicadores de estado de las celdas de flujo

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

  1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle - izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

  2. Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

  3. Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.

Icono de comprobación CF - Todos los dispositivos

Nota: El indicador de estado permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.

Last updated: 12/18/2023

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