PromethION 2 Integrated（P2i）是一款用于纳米孔测序的台式设备。它能够同时运行和分析多达两张测序芯片。对希望借助纳米孔测序的优势而进行多重项目的实验室而言，P2i是理想之选：

• 简易的文库制备
• 实时分析
• 长读长带来的深度解析

此外，用户在获得 认证后，可作为服务商对外提供P2i纳米孔测序服务。

得益于强大的内置计算功能，P2i可独立进行设备控制、数据采集、实时碱基识别、和数据流传输，且无需任何附属IT基础设施。它还可以执行碱基识别后的数据分析（例如使用 EPI2ME 工作流程）。

P2i 预装有负责执行设备控制、数据采集和碱基识别的软件。该软件由Oxford Nanopore Technologies开发。以下为 P2i测序设备的默认数据分析工作流程：

图一： PromethION 2 Integrated 测序设备的默认数据分析工作流程

P2i内置先进的电子设备，配备简明的用户界面，方便用户实时分析样本。设备内置触屏，使用户能轻松启动和监控测序运行，同时支持通过外接显示器和集成计算机进行EPI2ME等下游分析。

MinKNOW会按照条款和条件中的规定，在测序运行期间收集遥测信息，以监控设备性能并远程排除故障。由于部分信息源自自由文本字段，因此请您不要填写任何个人身份信息。我们不会收集任何测序数据。

EPI2ME平台是一项由AWS托管、基于云端的数据分析服务，为多个应用程序提供基于云的分析解决方案。用户通过EPI2ME代理上传FASTQ格式的序列数据，再通过EPI2ME门户中预定义的管道进行处理。所得结果以（数据+遥测）或遥测的形式从EPI2ME下载。EPI2ME门户生成的报告基于遥测信息。

您的地理位置决定了接收软件更新的IP地址。更新可通过软件用户界面（UI）或Linux系统的安装包管理工具（apt）进行。该工具已预装在P2i上，并可通过终端应用程序使用。如需通过apt更新，您需具备出站访问权限。我们会在纳米孔社区发布可用更新，您可在公告中查看完整的更新说明。

Nanopore测序软件 MinKNOW 可生成三种格式的测序数据：POD5、FASTQ 和 BAM。碱基识别摘要信息存储在sequencing_summary.txt 文件中：

• POD5是由Oxford Nanopore开发的一种用于储存纳米孔数据的文件格式，它易于访问，取代了传统的.fast5 格式。与.fast5 相比，POD5 格式具有以下优点：读取和写入数据的速度更快、使用的计算资源更少、且原始数据文件的大小更小。POD5 文件每10分钟批量生成一次。若启用条形码功能，文件可按条形码拆分，但该功能默认关闭。
• .fast5 是一种基于.hdf5 文件类型的传统文件格式，它含有分析纳米孔测序数据所需的一切信息及其溯源。一份.fast5文件内含多条序列（默认为4000条），文件大小为数百Mb。
• FASTQ是一种基于文本的序列储存格式，它包含DNA/RNA序列及其质量值（Q值）。FASTQ 文件按时间批量生成，默认每 10 分钟生成一个。该频率可调整为每 10 分钟、每小时，或在运行结束时生成单个文件。此外，还可根据序列片段数量拆分文件。
• 如果您对经过碱基识别的数据集进行比对或修饰碱基识别，则会输出BAM 文件。BAM 文件的生成方式与 FASTQ 文件类似。默认情况下不生成 BAM 文件，但在启用比对或修饰碱基识别功能时，会自动启用BAM文件选项。
• sequencing_summary.txt 文本储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于其所包含的序列片段数目。

下表中的文件大小是基于单张测序芯片在不同通量下的估值，文件格式分别为 POD5、FASTQ 和BAM ，序列片段的N50为23kb。TMO = 理论最大产出（theoretical maximum output）。

随着实验的推进，所有的序列片段会以.POD5格式产出。如您希望对数据进行碱基识别，MinKNOW软件会根据序列数据生成测序数据，并以 FASTQ 和/或 BAM 格式存储。

P2i具备充足的SSD磁盘空间，可储存多各测序实验所产生的POD5、FASTQ和BAM数据。然而，定期清理数据至关重要，以免存储空间不足导致运行中断。因此，用户端应提供额外存储空间，以便将数据传输到外部设备。

P2i 在Ubuntu系统上运行，支持挂载多种文件系统类型。我们建议您以NFS或CIFS格式储存数据。数据的存储形式和数量取决于用户的需求：

• 您可选择保存或删除含有原始序列数据的POD5文件。如您希望未来对测序数据重新进行碱基识别，则可以在MinKNOW中选择保存POD5文件。
• 仅保留FASTQ/BAM文件将无法重新进行原始数据的碱基识别，但可以使用标准的下游分析工具分析文件中的DNA/RNA序列。