GridION 用户手册
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GridION: Protocol
GridION 用户手册 V GX1_S1012_v1_revAA_25Oct2019
本中文版本对应的英文原文实验指南版本为:GX1_S1012_v1_revAA_25Oct2019。
本手册将指导您安装、检测及配置您的GridION™。
请点击此处查看我们的设备常见问题解答.
仅供研究使用。
FOR RESEARCH USE ONLY
概览
本中文版本对应的英文原文实验指南版本为:GX1_S1012_v1_revAA_25Oct2019。
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1. 测序仪信息
GridION Mk1
GridION Mk1 是一款极具成本效益的小型台式系统。它能分别或同时运行五张MinION或Flongle测序芯片,并利用内置的高性能软件实现对测序数据的实时碱基识别和分析。
技术规格
尺寸和重量 | 220 x 365 x 370 mm, 14.4 kg |
功率 | 650 W |
计算规格 | 7 TB 固态硬盘存储、64 GB 内存、用于操作系统及流程编排的英特尔i7-10700K 处理器、GridION 加速器 |
预装软件 | Linux OS, GridION OS, MinKNOW |
环境条件 | 请在+18℃至+25℃的环境温度范围内使用本测序仪 储存环境温度为+5℃至+40℃ |
常见问题
请点击此处,查看测序设备相关的常见问题解答。
2. 包装盒内容物
GridION 包装
包装盒内容物
货件将包含:
- GridION 测序仪
- 国标C13电源线
- 五张配置测试芯片(CTC)
- DisplayPort转HDMI适配器
- 快速入门指南
GridION 的组件如下所示:
GridION 上的可用接口如下所示:
3. 安装并启动测序设备
准备安装
在安装测序仪之前,请确保您配置好:
- 1 x 宽带网线(1 Gbps)
- 对EPI2ME分析:宽带端口——对互联网上的443端口进行出站访问,并通过TCP访问此处列出的AWS eu-west-1 IP地址范围。
- 对遥测反馈:能够通过HTTPS/443端口出站访问52.17.110.146、52.31.111.95、79.125.100.3,或访问域名ping.oxfordnanoportal.com
- 对软件更新:能够通过HTTPS/443端口出站访问178.79.175.200 及 96.126.99.215,或访问域名cdn.oxfordnanoportal.com
- 1x 显示器(兼容 HDMI/DisplayPort )
- 1X 适配的显示器电线
- 1x 通过USB连接的键盘
- 1x 通过USB连接的鼠标
- 可选:连接C14电线的不间断电源
推荐的实验室摆放位置
- 请将仪器至于一张稳固、清洁的实验台上。
- 请确保宽带网接口靠近电源。
- 请确保电源插头处在方便插拔的位置,以便在紧急情况下将测序仪断开。
- 测序应在+18℃至+25℃的室温下进行。
- 请确保仪器四周均留有30厘米的空间。
- 请勿覆盖任何通风口。
- 警告 - 操作过程中仪器后部会发热。
打开测序设备包装,将设备置于操作台上计划的摆放位置。
请参照下图,将所需线缆与测序设备连接。
- 1x 宽带网
- 1x 用于连接显示器的HDMI/DisplayPort*
- 1x 键盘USB
- 1x 鼠标USB
- 1x C13电线
*包装中提供1 x DisplayPort转HDMI适配器
重要
请注意:旧版测序设备背面的USB接口为USB 3.0。设备正面的接口为USB 2.0,因此不推荐用于数据传输。
请将电源线与主电源/不间断电源连接。请使用我们提供的电源线,或符合认可标准的额定电源线,并确保设备已连接至保护接地电源。打开电源开关。
按下电源按钮。按钮中心应亮起蓝光。屏幕将显示加载页面,然后是登录界面。
双击桌面上的MinKNOW图标,打开MinKNOW图形用户界面。
我们建议您使用纳米孔社区的账户信息登录MinKNOW软件。
您须连接到互联网方可登录。
用户可在此页面的右下角选择界面语言。
界面将提示您输入电邮地址和纳米孔密码:
如您在登录时遇到问题,请通过我们的纳米孔微信公众号(NanoporeSupport)或社区支持通道(https://community.nanoporetech.com/support) 联系我们的客服。与此同时,您可点击 Continue as guest ,以访客身份暂时使用MinKNOW。
在“Connection Manager”(连接管理器)下选择与计算机连接的测序仪。
随即进入“Sequencing Overview”(测序概览)页面。页面上会显示已建立连接的测序芯片或配置测试芯片(CTC)。
4. 网络设置和连接
注意
更改您的网络配置
GridION的网络参数配置须适合您当地的网络环境。
警告! 更改 GridION 网络参数可能导致设备无法正常工作。
如您对GridION网络设置的配置参数存疑,请联系本地IT部门。
网络要求
GridION 使用 1x1 Gbps 铜线接口与您本地网络设施连接。该端口唯一,且默认使用DHCP配置IP地址(也可手动配置IP地址)。
连接将用于:
- 向 Oxford Nanopore Technologies 发送遥测* 信息
- 接收设备的软件和固件更新
- 将生物测序数据传输至您本地的存储基础设施
用户须自备网线进行配置。
* 遥测仅发送有关测序运行条件和设置的源数据,如序列长度和质量值等信息,而不会记录具体基因组序列信息。
配置您的网络
如果您希望将GridION连接至单个网络,请使用用户界面。
如需配置GridION与多个网络连接,请打开终端窗口并输入以下命令:
ont-network-settings
此脚本的选项包括:
--dhcp
- 非必需 - 使用DCHP,并仅保留接口、绑定和覆盖这三项属性
--address ip_address
- 必需 - GridION的IP地址
--subnet subnet_mask
- 必需 - GridION的子网掩码
--gateway gateway_address
- 必需- GridION的默认网关
--dns DNS_server1,DNS_server2
- 必需 - GridION的DNS服务器
--search your_domain
- 必需 - 您的域名后缀(例如,公司名.地域)
--overwrite
- 非必需
--help
- 详细说明上述选项
如需重置设置,请务必在上述命令选项前使用--overwrite 标志,再关闭设备、然后重新启动。
验证 IP 地址
如需验证静态或动态(DHCP)IP地址的配置是否正确,请使用命令:ifconfig
返回信息将包含宽带网络的IP地址,示例如下:
grid@GXB03415:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST> mtu 1500
inet 172.17.0.1 netmask 255.255.0.0 broadcast 172.17.255.255
ether 02:42:35:39:60:40 txqueuelen 0 (Ethernet)
RX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
RX errors 0 dropped 0 overruns 0 frame 0
TX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
TX errors 0 dropped 0 overruns 0 carrier 0 collisions 0
eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST> mtu 1500
inet 10.150.60.13 netmask 255.255.255.0 broadcast 10.150.60.255
inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611 prefixlen 64 scopeid 0x20<link>
ether 3c:7c:3f:be:02:81 txqueuelen 1000 (Ethernet)
5. 更改默认密码和主机名
导航至“Host Settings”(测序设备设置)下的“Device Settings”(仪器设置)板块。
点击“System”(系统)框内的“Reset password”(重置密码)。
在“Change Password”(更改密码)对话框中,输入您当前使用的密码,然后输入新密码。
点击“Reset Password”(重置密码),确认密码变更。
(进阶)变更默认的主机名
- 如您需要更新设备的主机名,请运行以下命令并将“
”部分替换为您所需的主机名(请省略尖括号“<>”):
sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>
- 使用以下命令关闭设备,然后按下设备上的电源按钮重新启动设备:
sudo shutdown -h now
6. (进阶)更新时区并设置本地NTP服务器
更新时区:
首先键入以下命令,找到正确的时区名称:
sudo timedatectl list-timezones
使用以下命令更改时区:
sudo su -
Timezone="Europe/London"
timedatectl set-timezone $Timezone
systemctl restart systemd-timesyncd
设置本地NTP服务器:
请注意: 如使用外部时间服务器,则需访问NTP/123端口。
键入如下命令:
NTPserver="ntp.ubuntu.com"
timedatectl set-ntp false
cat << EOF > /etc/systemd/timesyncd.conf
# See timesyncd.conf(5) for details.[Time]
NTP=$NTPserver
EOF
systemctl stop ntp
ntpdate $NTPserver
systemctl disable ntp
timedatectl set-ntp true
hwclock --systohc
timedatectl set-local-rtc 0
请忽略运行上述命令时可能出现的报错。
如需确认命令是否成功运行,请键入:
timedatectl status
请注意: 与 NTP 服务器同步可能需要几分钟。
7. 硬件检测
重要
硬件检测
请务必在新设备或更新软件后使用配置测试芯片(CTC)进行硬件检测。CTC已预先插入测序设备的测序芯片卡槽内。
注意: 如您使用 Flongle 测序芯片,请定期将 空 适配器插入GridION并进行硬件检测,以确保 Flongle 适配器的正常运行。如需检查设备或测序芯片卡槽,请使用 MinION CTC,此方法同样适用于使用 Flongle 测序芯片时。
将五张配置测试芯片(CTC)插入GridION的X1至X5芯片卡槽。当五张配置测试芯片均被识别后,五个卡槽将亮起绿灯。
打开主页(Start),选择“Hardware Check”(硬件检测)。
选择所有测序芯片卡槽并选择“Start”(开始)以启动检测。
在GridION上使用 MinION 测序芯片:
随即进入“Sequencing Overview”(测序概览)页面。
测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。
下图以Flongle配置测试芯片(CTC)为例(红框内为进度栏)。
步骤结束
硬件检测历时约1分钟。
如检测 __通过__, __指示框呈绿色__。
如检测 __未通过__,则 __指示框为橙色__。
- Flongle 通过硬件检测
- MinION 通过硬件检测
- Flongle 未通过硬件检测
如硬件未通过检测,请卸下并重新插入CTC,再次运行硬件检测。如果仍未通过检测,请通过电子邮件(support@nanoporetech.com)联系我们的客服。
8. 测序芯片质检
测序芯片质检
在DNA/RNA文库上样前,请务必对测序芯片的活性纳米孔数进行质检。质检需在您收到测序芯片12周之内进行。Oxford Nanopore Technologies会对活性孔数量少于以下标准的芯片进行替换** :
测序芯片 | 芯片上的活性孔数确保不少于 |
---|---|
Flongle 测序芯片 (FLO-FLG001) | 50 |
MinION/GridION 测序芯片 | 800 |
PromethION 测序芯片 | 5000 |
** 请注意:自收到之日起,芯片须一直贮存于Oxford Nanopore Technologies推荐的条件下。且质检结果须在质检后的两天内递交给我们。
GridION X5 LED 灯
当测序芯片插入设备时,相应卡槽的LED指示灯将会亮起,颜色视测序芯片内ASIC的状态而定。 专用集成电路 (ASIC) 与传感器阵列连接并测量通过纳米孔的离子电流。
- 蓝色:测序芯片上未检测到 ASIC
- 绿色:检测到 ASIC
- 红色:ASIC有问题
导航至“Start”(开始)页面,点击“Flow Cell Check”,打开测序芯片质检页面。
当界面显示测序芯片类型并识别出芯片ID时,即可点击“Start”开始质检。
下图以GridION为例:
请注意: 对于Flongle,您需要手动填写测序芯片ID。
随即进入“Sequencing Overview”(测序概览)页面。
测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。
下图以Flongle配置测试芯片(CTC)为例(红框内为进度栏)。
测序芯片健康状况指示框
测序概览(Sequencing Overview)页面会显示测序芯片的质量。质量分为三个等级:
黄色!(图中Flongle测序芯片): 活性测序孔数量低于质保范围。将芯片从测序设备中取出后重新插入,并运行测序芯片质检。如果测序芯片活性孔数仍然低于质保范围,请您发邮件至support@nanoporetech.com。
绿色√(图中MinION 测序芯片): 活性测序孔数量在质保范围之上。
?(图中PromethION 测序芯片): 测序芯片在本次MinKNOW使用期间还未经过质检。
请注意: 芯片质量指示框仅在当次MinKNOW使用期间可见。一旦该次使用结束,测序芯片的状态将被清除。
9. 测序并监测实验
请参阅纳米孔社区中的MinKNOW实验指南,查看如何设置测序实验及监测实验进度。
10. 数据管理
请参阅以下Nanopore Learning 视频,获取更多有关卸载数据的信息:
请点击此处,查看测序设备相关的常见问题解答。
文件管理器(File Manager)
用户可通过测序设备设置(Host Settings)下的文件管理器页面管理和传输数据。
浏览选项卡,查看储存的数据:
- Internal (内置存储)标签页:数据存储于MinKNOW所连接的测序仪中(MinIONMk1C、GridION、PromethION)
- Removable (可移动存储)标签页:数据存储于MinKNOW所连接的可移动存储设备中,如USB移动硬盘
- Network (网络存储)标签页:数据存储于MinKNOW所连接的预挂载的网络驱动器上。
将设备作为共享/网络硬盘远程访问:
导航至“Device settings”(仪器设置),将“Share”(共享)切换至开。
请在弹出的新窗口填写您为此创建的安全密码。
点击“Set Password”(设置密码)。几秒钟后,共享切换按钮即被激活。
用户即可在不同的网络上访问并共享数据。
请注意 上图是在GridION上共享数据的示例。如在MinION或PromethION测序仪上共享数据,则按钮上的文本会相应替换为“Min”或“Prom”。
提示
如需取消共享,请将共享按钮切换至关。
请注意: 如再次打开共享,用户之前所设密码会被删除,须要重置。
如需在内置存储、可移动存储和网络存储选项间移动数据:
将页面底部的“Select”(选择)选项切换至“On”(开启),即可使用右下角的“Copy”(复制)、“Move”(移动)、“Delete”(删除)和“Rename”(重命名)选项。
选择一个文件或文件夹,然后使用右下角的选项。
提示
请先选定待移动或删除的文件,再点击 “Move”(移动)或“Delete”(删除)。
点击“Copy”(复制)或“Move”(移动),以打开新的对话框,其中列出了设备可访问的全部硬盘。
请注意:插入的USB硬盘或SD卡会显示在“Device”(设备)文件夹下。
点击要打开的硬盘,浏览文件目录以选择目标路径。然后点击“Copy”(复制)或“Move”(移动)以确认操作。
点击界面上的“New Directory”(新的目录)图标即可创建新目录。
如下图所示,点击标签页右下方红框内的图标,打开“Create New Directory”(新建目录)对话框并键入目录名称。然后点击 Create (创建)。
磁盘管理(Disk Management)
导航至 __Device Settings__(仪器设置)以查看设备上的可用磁盘空间。
使用 Eject 选项,选择弹出所连接的所有外围设备(包括USB)。
选择 __Add Network Drive__(添加网络硬盘),填写使用Samba(SMB)服务器或网络文件系统(NFS)所需的账户信息,将网络硬盘连接至设备。
11. 关闭MinKNOW和GridION测序仪
关闭GridION测序仪
关闭GridION设备的计算机时,请按照指定的步骤顺序操作,以避免可能出现的问题(如在识别测序芯片时)。请遵循本节中的说明,确保正确关闭设备。
请确保所有测序芯片均不在运行状态。
如各测序芯片示意图下方均未出现实验进度条,则说明没有正在运行的实验。
导航至“Device Settings”(仪器设置)页面,点击“Shutdown”(关闭)。
如使用电源,则请关闭电源。
如您使用计算机远程连接设备,请关闭 MinKNOW 应用程序窗口。
12. 通过用户界面升级软件
概述
MinKNOW是专供纳米孔测序设备使用的软件。有关该软件的更多详情,请参阅MinKNOW 技术文档。 有关如何使用MinKNOW软件的说明,请参考 MinKNOW 实验指南。
重要
更新软件
当有新软件或更新时,Oxford Nanopore Technologies 会通过社区发布公告。
我们强烈建议用户在新版本发布后尽快更新。
请注意: 请于本节查看软件须访问的IP地址及范围,据此设置防火墙。
如果设备通过远程连接或正在运行实验,将无法进行设备更新。
Oxford Nanopore Technologies设备的防火墙设置
Oxford Nanopore Technologies软件将需要访问列于此处的AWS IP范围:
http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html
以及以下两个IP地址:
178.79.175.200
96.126.99.215
请将宽带网线插入宽带网接口并连接至网络。
当有新更新可用时,将弹出一个对话框。
选择 Get Update (获取更新)以自动更新软件。
您可以跳过更新,但是我们建议您在 有可用更新时尽快更新软件。 有些更新为仪器使用必需,因此无法跳过。
请注意: 对MinION Mk1B,单击 Get Update (获取更新)将在测序仪所连计算机上打开 软件下载 页面。用户可于该页面下载更新后的 MinION 软件。
用户可以通过“Host settings”(测序设备设置)下的“Software”(软件)板块更新仪器。
导航至“Host Settings”(测序设备设置)下的“Software”(软件)板块。点击“Get Update”(获取更新)以打开安装窗口。
当软件有可下载的新版本时,界面会出现“Update”(更新)按钮。
请注意: 对MinION Mk1B,单击 Get Update (获取更新)将在测序仪所连计算机上打开软件下载页面。用户可于该页面下载更新后的 MinION 软件。
选择”Get update'“(获取更新)
在安装窗口点击“Install Update”(安装更新)以下载更新。
对话框中将显示版本变更信息。
等待软件更新;需要几分钟的时间。
更新完成后,请关闭设备,然后重新启动。
在“Current version”(当前版本)查看软件版本。
13. (进阶)通过终端升级软件
获取最新更新
硬件检测成功后,请更新至软件的最新版本。在终端输入以下命令即可:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release
默认的sudo密码为grid
。为确保测序设备的安全,请修改密码。
命令成功执行后,请使用以下命令关闭设备,然后再次打开:
sudo poweroff
后续的测序设备更新
当有GridION相关的新软件或更新时,Oxford Nanopore Technologies 会在社区发布公告。
我们强烈建议用户在新版本发布后尽快更新。
请遵循本地IT部门的建议,及时对设备的Linux系统进行安全更新。
请注意: 请务必配置防火墙,允许使用443端口进行出站访问,以便顺利更新。
14. 下载ISO镜像并刻录至USB硬盘
概览
您可参考下文说明,制作用于测序设备操作系统重建的USB启动盘。
如果您尚未收到带有ISO镜像的USB硬盘,请继续阅读以下步骤。 如果您已经收到USB硬盘,请直接跳至下一步骤:“如何从USB启动”。
重要
即使您已选择保留数据,我们仍强烈建议您将数据传输到备份存储。这是因为在操作系统重建的过程中可能会发生意外情况,比如USB断开、断电等,导致数据损坏。
使用以下链接下载 ISO 镜像:
刻录IOS镜像至USB硬盘
适用于刻录ISO镜像的软件:
- Windows: Rufus
请注意: 另一款ISO刻录工具balenaEtcher不适用于我们的ISO镜像 。您需使用运行 Windows系统的计算机,并可能需要管理员权限来安装Rufus软件。
请使用下述配置刻录 ISO 镜像(须 使用EFI/GPT引导):
- 分区方案:GPT
- 目标系统:UEFI
USB硬盘须具备如下规格:
- 容量须在32BG及以上
- 推荐使用USB 3.0接口
- 须使用 UEFI 引导选项
请注意: 我们建议使用两个来自不同制造商的USB硬盘进行闪存备份。普通的USB硬盘在重建操作系统时可能会无缘故地出现故障。
15. 如何从USB 硬盘启动
关闭GridION 测序仪。
将制作好的USB启动盘插入测序设备背面、内部为蓝色的USB端口。
如测序设备的序列号为GXB01xxx 或 GXB02xxx,请依照第3步中的情况a操作。如为GXB03xxx,请依照第3步中的情况b操作。
启动GridION 测序仪。
a.当屏幕出现ASRock画面时,按F11键进入启动菜单。
使用光标选择 UEFI USB 启动选项。选择Enter Setup。
b.当屏幕显示ASUS 画面时,按Del键进入启动菜单。使用鼠标,点击Boot Override 区域下的**UEFI: [USB 名称] [USB 信息]**。该操作将触发下一个菜单。
请确保高亮菜单屏幕上的“Customer Factory Reset image”选项。该选项会检测到安装指令并尝试保留现有的网络配置、主机名和/数据分区。接着按回车键。我们建议您在执行此步骤前尽可能备份数据。
选项 | 功能 | 何时采用 |
---|---|---|
Customer Factory Reset | - 保留网络配置 - 保留主机名(即 PCA1XXX) - 保留数据 - 不 清除元数据或格式化所有磁盘 | - 将设备重置到与镜像名称中反映的 MinKNOW 版本相对应的状态(例如 22.10 ISO = MinKNOW 22.10) - 尝试保留现有数据的情况下将设备重置到已知状态 |
Reset Install and keep /data | - 保留网络配置 - 保留主机名(即 PCA1XXX) - 保留数据 - 不清除元数据或格式化所有磁盘 | 功能与 Customer Factory Reset选项相同 |
Format Disks and lose /data | - 不 保留网络配置 - 不保留主机名(即 PCA1XXX) - 不保留数据 - 清除元数据并格式化所有磁盘 | - 数据存储可能出现问题,或者使用了新的未格式化的硬盘(例如硬盘故障或更换) - 当keep /data选项不能解决问题时 |
SECURE WIPE - can take hours | - 不 保留网络配置 - 不保留主机名(即 PCA1XXX) - 不保留数据 | 仅在技术服务团队要求时使用此选项 - 该选项会将磁盘上的所有数据覆盖为0、彻底擦除。 |
您将看到下图所示的屏幕内容。选择“Standard Installation”后,会弹出确认提示框,选 择“Okay”。
请注意: 蓝色桌面可能会占满整个屏幕。 您可按Esc键,在默认浏览器中查看菜单。
屏幕将跳转如下图所示界面,您可通过进度条实时查看更新进度。 整个安装过程可能需要约 1 小时。
请注意: 系统多次重启属正常现象。
设备重新启动后,您可能会多次看到下图界面。GridION 可能会停滞在此界面,但至多不应超过30 分钟即会继续。您无需在系统重建过程中与设备交互(即使出现此界面)。
系统重建完成后,屏幕将显示常规登陆界面。 登陆后,桌面上应显示MinKNOW 图标;若未能显示,请关机再重新启动。
之前对设备密码所做的任何更改都将恢复为grid
。 如果您需要更新默认密码,请参考 此处的说明。
打开MinKNOW,检查软件是否能够检测到所有测序芯片的位置。如不能,请再次关机然后重新启动。
16. 完成系统恢复
打开文件资源管理器,通过点击USB 启动盘一旁的弹出图标来移除USB 启动盘。
设备在首次启动时可能需要几分钟才能识别键盘和鼠标。
按下“Ctrl+Alt+T”,以打开终端窗口。
主机名应当出现在命令行,如主机名在系统重建过程中未保留,请键入:
ont-gridion-serial set GXBXXXX
其中 GXBXXXXX 是设备背面标签上的序列号。
按回车键。
键入“bash”,然后按回车键,确认已设定主机名。
配置您的网络:
以下脚本可帮助您配置网络。 打开终端窗口,输入以下命令:
ont-network-settings
脚本选项包括:
--dhcp
(非必需)-使用DCHP,并仅保留接口、绑定和覆盖这三项属性
--address ip_address
(必需)-此设备的IP地址
--subnet subnet_mask
(必需)-此设备的子网掩码
--gateway gateway_address
(必需)-此设备的默认网关
--dns DNS_server1,DNS_server2
(必需)-此设备的DNS服务器
--search your_domain
(必需)-您的域名后缀 (例如,公司名.地域)
--overwrite
(非必需)
--help
-详细说明上述选项
如需重置设置,请在上述命令选项前使用--overwrite 标志,再关闭设备后重启。
打开MinKNOW,查看是否存在软件更新,或通过终端输入以下命令查看更新:
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release
ont-system-test
(not available on some ISO images)
ont-validate-install
如果安装成功,您应该会看到以下消息:
All Packages installed and nvidia is happy, so resetting ont-restore-apt
如果安装不成功,请运行以下命令:
sudo apt update
sudo apt dist-upgrade
sudo ont-validate-install
sudo reboot
如果在关闭设备再重新启动后问题仍未得到解决,请联系技术支持 support@nanoporetech.com。
17. 如您遇到问题
如若构建过程无法正确恢复您的计算机,请将“如何从USB硬盘启动”部分的第4步替换为下述步骤:
选择UEFI选项后,按 回车键 (第3步)。请确保选中屏幕上的Format disks and lose /data,使之保持高亮状态。此选项将重置所有磁盘并重建整个系统。系统重建完成后,您将需要手动设置主机名。
重建过程将清空系统的所有磁盘,并关闭设备、再重新启动。 完成后,请按照“如何从USB硬盘启动”部分步骤4所述,选择“Customer factory reset image”,安装系统。
若“如何从USB硬盘启动”部分步骤5所示屏幕并未出现,而是显示带白色文本的黑屏,请重新启动GridION(按下电源键几秒钟),然后从第3步继续。
在清空系统磁盘的过程中,屏幕上会显示 ASRock 或 ASUS 标志,并有一滚动圆圈。该过程可能需要一些时间,在完成后会重启。
如果您选择了除“secure wipe”以外的标准重置选项之一,且 GridION 在重置过程中崩溃或产生错误,请执行“secure wipe”。
当选择“secure wipe”选项,系统会删除所有数据,并将硬盘完全擦除至已知状态。如果在执行了“secure wipe”和随后的“customer factory reset”后,GridION 仍无法启动,则可能存在硬件故障。请联系我们的技术支持人员 (support@nanoporetech.com) 寻求帮助。
18. 常见问题解答
如果您的测序设备出现问题或在测序过程中遇到困难,请联系我们的技术服务团队。
如需查看常见问题解答,请参阅MinKNOW支持板块 。
通常,需要排除故障时,我们建议您导出日志并发送给技术服务团队。
MinKNOW的帮助功能和支持链接
您亦可直接通过MinKNOW界面访问Nanopore支持中心。
点击MinKNOW界面右上角的“Help”(帮助)选项后,页面将弹出一个带有链接和二维码的窗口:
如果您使用的是较大型测序设备(如GridION、PromethION 24/48)或MinION Mk1b、P2 Solo,点击窗口中的链接即可直接跳转到Nanopore支持页面。
如果您使用的是P2 Integrated或MinION Mk1C,可以用其他设备扫描二维码,或者输入短链接,快速访问支持中心。
导出日志:
对GridION、PromethION 24/48、PromethION 2i、及与GridION连接的PromethION 2 Solo:
- 在“Export Logs”(导出日志)栏目下选择 Export(导出)。
日志成功导出后,“Export”按钮下方将显示导出路径。日志将以.tgz压缩文件格式下载至“logs”(日志)目录中。
您可于“Host Settings ”(测序设备设置)下的“File Manager”(文件管理器)中按需设定日志导出路径:
- 在“Export Logs”(导出日志)栏目下,点击 **Logs exported to:**(日志导出至:)对话框右侧的文件,在MinKNOW的文件管理器中打开日志所在路径。
- 使用文件管理器右下角的控制面板移动日志文件。
如 PromethION 2 Solo 与独立计算机连接
您可于下述路径获取各测序实验的日志:
Windows C:\data\logs
Mac OS X /private/var/log/MinKNOW
Linux /var/log/minknow
清除日志和临时数据:
在“帮助”(Help)页面的“清除文件”(Clean up files)部分选择清除(Clean up),并在弹出的对话框内确认。
请注意: 将清除日志及临时数据,实验数据不会被删除。
修复仪器故障:
在“帮助”(Help)页面的“Troubleshooting”(故障排查)部分点击 Run repair(修复问题),并在弹出的对话框内确认。MinKNOW将尝试修复以下问题:
- 确保“/data”下所需路径存在,且具有正确的所有权和权限。
- 确保“/data”下所需文件的所有权和权限正确。
- 确保GPU正以最高性能运行
- 确保已禁用蓝牙