Unidad de Adquisición de datos PromethION Serie A (PRO-PRCAMP; PRO-PRCA100)
Unidad de secuenciación PromethION 24 (PRO-SEQ024)
Unidad de secuenciación PromethION 48 (PRO-SEQ048)
PromethION 24 Combined (PRO-CMB024)*

*Disponible solo en determinados países

El PromethION™ 24/48 Serie A es una plataforma de secuenciación masiva por nanoporos en la que es posible secuenciar en paralelo hasta 24 o 48 celdas de flujo. Es perfecto para laboratorios con múltiples proyectos que necesiten beneficiarse de las ventajas de la secuenciación por nanoporos:

• Preparación sencilla de bibliotecas
• Análisis en tiempo real
• Comprensión biológica a partir de lecturas largas

El PromethION posee recursos informáticos integrados que posibilitan la gestión del dispositivo, la adquisición y la transmisión de datos sin suponer un peso adicional en la infraestructura existente.

Encontrará información adicional en el dispositivo PromethION 24.

Elemento	Características técnicas
Sistema operativo	Ubuntu Focal (20.04) / Ubuntu Noble (24.04)
Almacenamiento	60 TB de SSD interno (56 TB disponibles)
GPU	Unidad de adquisición de datos: 4 GPU NVIDIA serie Ampere + 1 GPU serie Turing (solo de visualización)
Memoria	512 GB de RAM
Tamaño y peso	Unidad de secuenciación: 190 (alto)× 590 (ancho) x 430 mm (largo); PromethION 24: 23 Kg PromethION 48: 31 Kg Unidad de adquisición de datos: 440 mm (alto) × 178 mm (ancho) × 470 mm (largo); 26 kg
Intervalo medioambiental	Diseñado para secuenciar en: entre 18 °C y 22 °C*
Emisión de calor	Unidad de secuenciación: 4,129 BTU/h (≈ 1.210 W) como máximo Unidad de adquisición de datos: 9,008 BTU/h (≈ 2.640 W) como máximo
Potencia	Unidad de secuenciación: 100-240 VCA (50/60 Hz); Consumo de potencia máxima: 1 210 W Tipo de enchufe: 1 conector C13 Unidad de adquisición de datos: 200-240 VCA (50/60 Hz); Consumo de potencia máxima: 2 640 W Tipo de enchufe: 2 conectores C13

*Intervalo de funcionamiento de los componentes electrónicos: entre 5 °C y 40 °C

Lista de comprobación para la instalación

Esta lista de comprobación describe los requisitos informáticos y de infraestructura mínimos para instalar PromethION™ 24/48 Serie A en su institución. Encontrará una explicación detallada de cada elemento en las siguientes secciones del documento.

Importante:

• El sistema es compatible con conexiones de fibra o cobre.
• El modelo PromethION 24 Combined tiene los mismos requisitos informáticos que el PromethION 24 Serie A y está disponible solo en determinados países.

Elemento/configuración necesarios	Función
2 módulos SFP+ compatibles con 10 GBASE-SR o 10 GBASE-LR (no es necesario si se utiliza cobre)	Conexión a la infraestructura informática y a Internet
Cableado adecuado de 10 Gb/s compatible con los módulos de SFP+ elegidos, O cableado adecuado a una conexión Ethernet de 10 Gb/s	Conexión a una infraestructura informática y a internet
Ratón y teclado USB con cable	Gestión del dispositivo
Monitor compatible con DisplayPort (recomendado) o VGA Resolución de pantalla recomendada: 1920 x 1080	Control de dispositivo
2 tomas de corriente de 200-240 VCA (50/60 Hz) 1 toma de corriente de 100-240 VCA (50/60 Hz) Más información a continuación	Alimentación del dispositivo
Sistema de alimentación ininterrumpida (SAI) (opcional: ver sección 7.1)	Estabilidad del suministro eléctrico
Infraestructura local suficiente para mantener los requisitos de almacenamiento	Almacenamiento de datos en tiempo real y a largo plazo

Requisitos de alimentación eléctrica y SAI

Alimentación eléctrica

El PromethION 24/48 consta de dos módulos con requisitos de alimentación eléctrica diferentes: la unidad de secuenciación (consumo eléctrico máximo 1 210 W) y la unidad de adquisición de datos (2 640 W). Antes de proceder a la instalación, compruebe que la infraestructura local cumpla con los requisitos de potencia y tensión y que en la ubicación prevista haya tomas de corriente adecuadas. Recomendamos consultar con el equipo de mantenimiento o con un electricista cualificado y determinar cuál es la instalación más adecuada en su laboratorio.

Fiabilidad del suministro eléctrico

La fiabilidad del suministro eléctrico es esencial para proteger los experimentos de secuenciación y garantizar un funcionamiento estable. Recomendamos vivamente el uso de sistemas de alimentación ininterrumpida (SAI) para proteger tanto la unidad de secuenciación como la unidad de adquisición de datos.

¿Por qué utilizar un sistema de alimentación ininterrumpida (SAI)?

El SAI proporciona energía de reserva y regulación de la tensión. En caso de corte o fluctuación del suministro eléctrico, es capaz de:

• Mantener el sistema en funcionamiento durante varios minutos.
• Generar alertas que permitan interrumpir o apagar de forma segura los experimentos de secuenciación.
• Ayudar a prevenir problemas al estabilizar o mejorar la calidad de la red eléctrica.

Requisitos recomendados del SAI

Es posible elegir entre:

• Un SAI de mayor capacidad que alimente tanto la unidad de secuenciación como la unidad de adquisición de datos.
• Dos unidades SAI independientes, una para cada dispositivo.

La mejor opción dependerá de la configuración del emplazamiento, incluido el espacio, el acceso a la red eléctrica y el presupuesto. Ambas opciones son válidas, siempre que el SAI seleccionado suministre la potencia necesaria para ambos equipos a la vez y cuente con redundancia. Recomendamos consultar con el personal de mantenimiento de su institución o con un electricista cualificado a fin de determinar cuál es la instalación más adecuada en su laboratorio.

Parámetros	Requisito mínimos
Potencia nominal	Unidad de secuenciación: 1,5 kVA Unidad de adquisición de datos: 3 kVA
Tipo de SAI	Online/doble conversión
Tiempo de transición	< 5 min
Autonomía de batería	≥5 min (garantiza un apagado seguro o el cambio al generador)
Tipo de salida	Onda sinusoidal pura
Tensión de salida	200-240 VCA a 50/60 Hz
Cables de alimentación	Los cables deben tener una tensión nominal mínima de 10 A 250 VCA y ser compatibles con los conectores C13 del PromethION 24/48

Deberá proporcionar su propio SAI. Oxford Nanopore Technologies™ no valida ni suministra modelos específicos. La selección, la instalación y el mantenimiento son responsabilidad suya.

Preparativos previos a la instalación

• Instalar el SAI antes de la entrega del dispositivo y así evitar retrasos.
• Programar el mantenimiento periódico del SAI a fin de garantizar una protección continua.
• Formar al personal pertinente en los procedimientos de apagado seguro y minimizar así los riesgos durante las interrupciones del suministro eléctrico.

Requisitos de conexión a la red

Acceso a la red

El sistema utiliza sólo conexiones salientes a través de los puertos TCP 80 y 443 y no requiere acceso entrante.

Oxford Nanopore Technologies no tiene acceso a distancia a su sistema.

Dominios necesarios

En la tabla siguiente se indican los dominios a los que se debe poder acceder según las funciones específicas del sistema:

Tipo de acceso	Propósito	Dominios requeridos
Telemetría	Permite que MinKNOW se ejecute y transmita información de telemetría	ping.oxfordnanoportal.com
Actualizaciones del programa y sistema operativo	Acceso a actualizaciones de MinKNOW, paquetes de sistema operativo y controladores de GPU	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME™	Acceso a flujos bioinformáticos en contenedores	*.github.com hub.docker.com
Inicio de sesión en una cuenta Nanopore	Iniciar sesión en una cuenta Nanopore a fin de acceder a servicios en la nube	id.nanoporetech.com *.okta.com
Acceso a distancia	Habilitar el acceso a distancia desde su ordenador a un dispositivo Nanopore en la misma red local	En redes locales con cortafuegos entre el dispositivo y otros equipos externos, deben habilitarse los puertos indicados a continuación. (Importante: estos puertos utilizan el protocolo TCP y son de uso interno, por lo que no precisan tener acceso a Internet) MinKNOW (Interfaz gráfica independiente): puertos 8000-9000, 9501, 9502, 9504, 9505 y 9800 ssh: puerto 22 Samba/uso compartido de archivos: puertos 137-139 y 445 API: puerto 443

Si su institución utiliza un proxy o cortafuegos, configúrelo para permitir el acceso saliente a estos dominios, a fin de garantizar el correcto funcionamiento del programa, la instalación de actualizaciones y la autenticación de usuarios.

Telemetría

MinKNOW y EPI2ME recopilan datos de telemetría durante su uso, según se establece en nuestros Términos y condiciones. Esta información ayuda a supervisar el rendimiento del dispositivo, facilita la resolución de problemas y permite el reemplazo de celdas de flujo en garantía, cuando corresponda.

Nota sobre privacidad: algunos campos de telemetría permiten la introducción de texto libre. Evite introducir información en estos campos que facilite la identificación de personas. Nosotros no recogemos ningún dato de secuenciación.

Unidad de secuenciación PromethION 24/48

Cantidad (P24/P48)	Componente	Función
1	Unidad de secuenciación PromethION 24/48	Instrumento de secuenciación del ADN/ARN
2/3	Cables USB-A a USB Mini-B	Permite actualizar del microprograma de la unidad de secuenciación
1	Cable USB-B a USB-A	Permite actualizar el microprograma de la unidad de secuenciación
24/48	Celdas de prueba de configuración	Permiten verificar el funcionamiento del equipo físico de secuenciación (1 por posición)
1	Guía de inicio rápido	Presenta una descripción general de la configuración del sistema
1	Documento Información de seguridad y normativa	Incluye información sobre seguridad y sobre el cumplimiento de la normativa aplicable
1 1 1 1 1	Cable de alimentación Reino Unido (Tipo G → C13) 2 m, 10 A, 250 VAC Cable de alimentación UE (Schuko Tipo C → C13) 2 m, 10 A, 250 VAC Cable de alimentación EE.UU. (Tipo B → C13) 2 m, 15 A, 125 VAC Cable de alimentación China (Tipo I → C13) 2 m, 10 A, 250 VAC Cable de alimentación Australia (Tipo I → C13) 2 m, 10 A, 250 VAC	Cables de alimentación de la unidad de secuenciación específicos de cada región

Unidad de Adquisición de datos

Cantidad (P24/P48)	Componente	Función
1	Unidad de Adquisición de Datos	Gestiona el dispositivo, realiza la adquisición de datos, la identificación de bases y transmite los datos en tiempo real
2 / 3	Cable PCIe, 2 m	Establece una conexión de datos de gran velocidad entre la Unidad de adquisición de datos y la Unidad de secuenciación
1	Cable Mini DisplayPort a DisplayPort, 2 m	Conecta la Unidad de adquisición de datos a un monitor
1	Adaptador de USB-A a USB-C	Conecta los periféricos a los puertos USB-C de la Unidad de Adquisición de datos
1	Unidad de disco USB de restauración del sistema, 64 GB	Restaura el sistema a la configuración de fábrica
2 2 2 2 2	Cable de alimentación Reino Unido, (tipo G → C13) 2 m, 10 A, 250 V CA Cable de alimentación UE (Schuko tipo C → C13) 2 m, 10 A, 250 V CA Cable de alimentación EE.UU. (NEMA L6-20P → C13) 2 m, 15 A, 250 V CA Cable de alimentación China (tipo I → C13) 2 m, 10 A, 250 V CA Cable de alimentación Australia (tipo I → C13) 2 m, 10 A, 250 V CA	Cables de alimentación de la unidad de Adquisición de datos específicos de cada región

• El espacio de trabajo necesario para instalar un PromethION 24/48 es de 167 × 75 cm.
• Colocar la Unidad de secuenciación y la Unidad de Adquisición de datos en una mesa de laboratorio estable.
• Dejar al menos 30 cm de espacio libre en la parte frontal, posterior y en los laterales de cada unidad, a fin de garantizar una ventilación adecuada y facilitar el acceso al dispositivo.
• Colocar los dispositivos en un entorno controlado: lejos de la luz solar directa y de fuentes de calor, lo que evita problemas de regulación térmica. Sitúelos en una zona sin polvo, lejos de ventanas abiertas, a fin de reducir el riesgo de contaminación y las alteraciones en el flujo del aire.
• Si es necesario, la unidad de Adquisición de datos puede colocarse debajo de la mesa del laboratorio. Consulte con Oxford Nanopore si desea instalar el PromethION Combined de esta forma.

Tipos de archivos

El sistema almacena los datos de secuenciación por nanoporos en los siguientes tipos de archivo:

• FASTQ - Formato de texto que almacena secuencias de ADN/ARN junto con sus índices de calidad.

• BAM - Formato binario que contiene lecturas alineadas, incluidas las bases modificadas (por ejemplo, metilación).

• sequencing_summary.txt - Archivo que contiene metadatos de todas las lecturas con bases identificadas generadas en un experimento de secuenciación. Lo que incluye información como el identificador de lectura, la longitud de secuencia, la puntuación Q-score por lectura y la duración de lectura. El tamaño de un archivo de resumen de secuencias dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Opcional:

• POD5 - Formato principal de datos sin procesar, que reemplaza al obsoleto .fast5. Es más eficaz tanto en almacenamiento como en procesamiento.

La siguiente tabla proporciona los requisitos de almacenamiento estimados en función del volumen de datos generado por una celda de flujo. Estos valores se basan en una ejecución que guarda archivos POD5, FASTQ y BAM, con un N50 de lecturas de 23 kb.

Producción celda de flujo (Gbases)	Almacenamiento en FASTQ.gz (Gbytes)	BAM no alineado con modificaciones (Gbytes)	(Opcional) Almacenamiento en POD5 (Gbytes)
100	65	60	700
200	130	120	1 400

Importate: cuando la identificación de bases esté activada, el sistema generará archivos FASTQ o BAM y necesitará almacenamiento temporal adicional mientras el experimento esté en marcha. Si selecciona activar la salida en POD5, el sistema producirá archivos POD5 de forma continua durante el experimento.

Análisis en EPI2ME

La aplicación de escritorio EPI2ME ofrece soluciones de análisis definidas por el usuario, tanto locales como en la nube:

• El análisis local se realiza directamente en el ordenador del usuario, con los recursos informáticos disponibles.

• El análisis en la nube se realiza a través de Amazon Web Services (AWS) y requiere una conexión a Internet.

Encontrará más información sobre cómo EPI2ME puede cubrir sus necesidades de análisis de datos aquí.

Formatos de archivos admitidos en la carga de datos: EPI2ME admite archivos FASTQ, BAM y otros formatos pertinentes, procesa los datos mediante flujos bioinformáticos de Nextflow y genera informes interactivos en HTML.

Actualizaciones

Es posible descargar las actualizaciones desde la interfaz MinKNOW o mediante el terminal (con el comando apt). El sistema requiere acceso solo de salida. Cuando hay actualizaciones disponibles, lo notificamos a través de la comunidad Nanopore y proporcionamos instrucciones en cada nota de lanzamiento.

Transferencia de datos en tiempo real

Durante la secuenciación, el dispositivo utiliza su almacenamiento interno como caché temporal. Cuando funciona a pleno rendimiento, la caché es capaz de alcanzar su capacidad máxima en poco tiempo. Los datos generados deben transmitirse a un sistema de almacenamiento externo a fin de evitar interrupciones o fallos en el experimento.

El PromethION 24/48 Serie A incluye dos puertos de red de 10 Gb/s (fibra o Ethernet) para transferir los datos a gran velocidad. Utilícelos para conectar el sistema a un almacenamiento en red equipado con SSD. No utilice los puertos USB para transferir datos, ya que no permiten realizar la transmisión en tiempo real con grandes volúmenes de datos.

Si la transmisión en tiempo real falla o es insuficiente, la secuenciación tal vez se detenga inesperadamente.

Tiempo estimado de transferencia

La siguiente tabla proporciona tiempos de transferencia aproximados correspondientes a distintas configuraciones de celdas de flujo, con conexiones de 1 Gb/s y 10 Gb/s.

Configuración de celda de flujo	Tiempo de transferencia de 1 Gb/s	Tiempo de transferencia de 10 Gb/s
1 celda de flujo (200 gigabases de rendimiento)	~7 h	~1 h
24 celdas de flujo (200 gigabases de rendimiento)	~160 h	~16 h

Utilice esta información para evaluar las necesidades de ancho de banda de su laboratorio y planificar la infraestructura en consonancia con ello.

Recomendaciones de almacenamiento

A fin de garantizar una gestión de datos estable y un acceso prolongado a la información, tenga en cuenta las siguientes estrategias de almacenamiento:

• Almacenamiento a corto plazo Utilice almacenamiento en red con unidades SSD (por ejemplo, NFS o CIFS) a fin de transmitir datos a gran velocidad durante los experimentos de secuenciación activos.

• Almacenamiento a largo plazo Finalizada la secuenciación, es posible transferir los datos a soluciones de almacenamiento más lentas y rentables.

• Consideraciones sobre el formato de los archivos

  • Guardar en archivos POD5 si tiene previsto volver a identificar las bases más adelante o utilizar herramientas que requieran acceso a los datos eléctricos originales.

  • Guardar en archivos FASTQ si va a analizar los datos y no necesita volver a procesar los datos originales.

Oxford Nanopore Technologies no especifica volúmenes de almacenamiento o arquitecturas específicas, ya que estos requisitos varían según el laboratorio. Recomendamos colaborar con el equipo informático de su laboratorio a fin de definir lo siguiente:

• Infraestructura de transmisión de datos en tiempo real
• Almacenamiento rápido a corto plazo
• Capacidad de archivo a largo plazo

Identificación del dispositivo

Referencia del dispositivo:

PRO-PRCAMP (Unidad de Adquisición de datos PromethION Serie A)
PRO-SEQ024 (Unidad de secuenciación PromethION 24)
PRO-SEQ048 (Unidad de secuenciación PromethION 48)
PRO-CMB024 (PromethION 24 Combined*)

*Disponible solo en determinados países

Uso previsto

PromethION Serie A es una plataforma de análisis mediante detección electrónica, diseñada para su uso en investigación científica. Su tecnología principal se basa en un nanoporo capaz de detectar actividad en una sola molécula, incluidos los ácidos nucleicos (ADN/ARN), las proteínas y otras pequeñas biomoléculas.

Este producto es para uso exclusivo en investigación.

Información sobre seguridad

Antes de utilizar el dispositivo, revise las siguientes recomendaciones de seguridad:

• Sólo un técnico de Oxford Nanopore Technologies debe desempaquetar e instalar el PromethION 24 Combined.
• Instale el sistema sobre una superficie estable con ventilación adecuada
• Deje 30 cm de espacio libre en la parte frontal, posterior y en los laterales del dispositivo
• Mantenga el equipo en un entorno libre de polvo, alejado de ventanas abiertas.

Procedimientos de emergencia

En caso de emergencia:

1. Apague el dispositivo PromethION Serie A mediante el interruptor de encendido.
2. Desenchufe los cables de alimentación de la parte posterior del dispositivo.

Declaración de conformidad

El PromethION Serie A cumple con las directivas pertinentes de compatibilidad electromagnética (EMC) y seguridad eléctrica, como se indica en las eclaraciones de conformidad de la CE que figuran a continuación.

Declaración de conformidad de las unidades de secuenciación del PromethION 24 y P48
Declaración de conformidad de la unidad de Adquisición de datos PromethION Serie A
Declaración de conformidad del PromethION 24 Combined

Etiquetas de conformidad

Etiqueta de conformidad PromethION 24
Etiqueta de conformidad PromethION 48
Etiqueta de conformidad Unidad de secuenciación PromethION 48

Licencia y garantía

El contrato de licencia y garantía garantiza que el instrumento funcione de forma óptima, al incluir las actualizaciones más recientes de equipo y programas. El contrato garantiza el cumplimiento de las obligaciones de asistencia de Oxford Nanopore Technologies durante el periodo contractual, tal y como se establece en las secciones 4 y 7 de los Términos y condiciones de los productos Nanopore.

Encontrará más información sobre la garantía del dispositivo en la tienda de Oxford Nanopore.

¿Cómo puedo transferir datos desde el PromethION durante un experimento?

El programa incluye secuencias de comandos que permiten la transferencia de datos en tiempo real. Si necesita ayuda, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

¿Qué módulos SFP+ son compatibles con el PromethION?

Cualquier módulo SFP+ estándar es compatible. Seleccione uno que sea compatible con la infraestructura actual de su laboratorio.

¿Qué sistemas de almacenamiento son compatibles con el dispositivo?

El PromethION puede conectarse a cualquier NAS (sistema de almacenamiento conectado a la red). De acuerdo con las recomendaciones anteriores, consulte con el equipo informático de su laboratorio las soluciones más adecuadas.

Oxford Nanopore Technologies envía los dispositivos PromethION en embalaje protector, que constan de una o dos cajas según el modelo. Cada paquete incluye una base con palé que facilita el transporte y está equipado con dispositivos de registro de datos que controlan las fuerzas G, la orientación, la temperatura y la humedad durante el envío.

Si observa algún daño en las cajas o indicios de manipulación indebida, rechace la entrega y notifíquelo al Servicio de Atención al Cliente en support@nanoporetech.com.

Configuración de envío

• PromethION 24/48 serie A Estos dispositivos se envían a la mayoría de los países del mundo en dos cajas: una destinada a la Unidad de Adquisición de datos y otra a la Unidad de Secuenciación.
• PromethION 24 Combined Este modelo se envía únicamente a determinados países, en una sola caja.

Importante: sólo un ingeniero del servicio técnico de Oxford Nanopore Technologies debe desembalar e instalar la unidad PromethION 24 Combined.

Almacenamos y enviamos todos los dispositivos a temperatura ambiente (entre 15 ˚C y 25 ˚C).

Características del embalaje de envío

Módulo	Peso (kg)	Dimensiones (Alto × Ancho × Profundo, cm)
Unidad de Adquisición de datos PromethION Serie A	37	45 × 68 × 60
Unidad de secuenciación PromethION 24	33	59 × 70 × 54
Unidad de secuenciación PromethION 48	44	59 × 70 × 54
PromethION 24 Combined	120	90 × 120 × 100

El PromethION 24/48 Serie A es compatible con las versiones más recientes de química utilizada en las celdas de flujo PromethION, así como con los kits de secuenciación y las ampliaciones.

Esta compatibilidad incluye:

• Celdas de flujo: Celda de flujo PromethION Serie R10 (FLO-PRO114M) Celda de flujo PromethION RNA004 (FLO-PRO004RA)

• Kits de secuenciación: el PromethION 24/48 es compatible con todos los kits de química V14 incluidos los de ligación, rápido, de etiquetado (barcoding), PCR, ADNc y ARN Directo). No hemos realizado pruebas con los siguientes kits:

  • 16S Barcoding Kit 1-24 (SQK-16S114.24)

• Programa de secuenciación más reciente: MinKNOW, Dorado Basecall Server

• Herramientas de análisis: EPI2ME (y los flujos de trabajo incluidos), los flujos bioinformáticos de Oxford Nanopore (flujos de trabajo compatibles con MinKNOW) y las herramientas personalizadas desarrolladas por la comunidad Nanopore.