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Use of Unamplified RNA/cDNA–Hybrid Nanopore Sequencing for Rapid Detection and Characterization of RNA Viruses


Nanopore sequencing, a novel genomics technology, has potential applications for routine biosurveillance, clinical diagnosis, and outbreak investigation of virus infections. Using rapid sequencing of unamplified RNA/cDNA hybrids, we identified Venezuelan equine encephalitis virus and Ebola virus in 3 hours from sample receipt to data acquisition, demonstrating a fieldable technique for RNA virus characterization.

Authors: Andy Kilianski, Pierce A. Roth, Alvin T. Liem, Jessica M. Hill, Kristen L. Willis, Rebecca D. Rossmaier, Andrew V. Marinich, Michele N. Maughan, Mark A. Karavis, Jens H. Kuhn, Anna N. Honko, C. Nicole Rosenzweig

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